Wichtigstes Projektziel ist ein mit Blick auf den Naturschutz vorbildlicher Zustand der Auwälder und Auenbiotope. Dazu gehört auch eine teilweise Wiederherstellung der natürlichen Überflutungsdynamik, die durch Deiche und Staustufen in vielen Teilen des Projektgebiets gestört ist. Geplant ist der Bau von mindestens fünf Ausleitungsstellen, über die der Auwald auf einer Fläche von insgesamt ca. 690 ha geflutet werden kann. Das Donauufer auf einer Länge von 10 km sowie ein großer Teil der Auengewässer sollen ebenfalls renaturiert werden. Waldbauliche Maßnahmen, eine naturnahe Waldbewirtschaftung und Vertragsnaturschutz sowie partieller Nutzungsverzicht sollen eine natürliche Entwicklung der Auwälder sicherstellen. Mit dem Projekt werden darüber hinaus gemeinsame, für den Naturschutz und die ländliche Entwicklung geltende Zielvorstellungen definiert. Eine ökologisch intakte Auenlandschaft soll dabei die Basis für attraktive Naturerlebnisse und eine landschaftsgebundene Regionalentwicklung bilden.