Die Ill und ihre Nebengewässer haben den Charakter von Mittelgebirgsbächen, deren Ufervegetation v.a. im Oberlauf naturnah ausgebildet ist. Das Kerngebiet umfaßt die Gewässer selbst sowie die Teile des Einzugsgebiets, welche die Funktionsfähigkeit des Gewässers nachhaltig beeinflussen (Gewässerufer, Auenbereiche, genutzte Flächen, die über die Ableitung von Dränagewasser oder durch Erosion die Qualität des Gewässers beeinträchtigen). Charakteristisch ist die in weiten Strecken erhalten gebliebene Überschwemmungsdynamik (insbesondere am Unterlauf der Ill). In Sukzessionsbereichen treten typische Lebensgemeinschaften der Flussaue wie z.B. Hochstaudenfluren, Seggenriede und Röhrichte auf. Zu den gefährdeten Arten zählen Elritze, Bachneunauge, Neuntöter, Großer Feuerfalter, Sumpfschrecke, Breitblättriges Knabenkraut, Mondraute, Natternzunge u.a.

Ziel des Projektes war die Wiederherstellung eines dynamischen und intakten Gewässersystems, das vielfältigen Lebensraum für Flora und Fauna darstellt. Im Vordergrund stand hierbei die Schaffung eines ökologisch hochwertigen Bachzustandes, der keiner permanenten Gewässerunterhaltung bedarf, sowie die Wiederherstellung einer hohen Strukturvielfalt im aquatischen, amphibischen und terrestrischen Bereich. Der Grunderwerb und die Umsetzung zahlreicher biotoplenkender Maßnahmen haben die Voraussetzungen dafür geschaffen, dass mittlerweile auf fast 90 % der Gewässerstrecken eine eigendynamische Entwicklung stattfinden kann. Zudem steht der Ill und ihren Nebenbächen der ursprüngliche Retentionsraum fast vollständig wieder zur Verfügung. In den angrenzenden Auen erfolgt auf rund 95 % der landwirtschaftlich genutzten Flächen eine extensive Grünlandnutzug gemäß den Vorgaben des Pflege- und Entwicklungsplans. Zur Erhöhung der Strukturvielfalt trägt auch der Biber bei, der 1994 vom Naturschutzbund Deutschland wieder angesiedelt wurde.