Das Flusstalmoor der Peene, deren hydrologisches Regime weitgehend ungestört ist, ist einer der größten zusammenhängenden Moorkomplexe dieser Art in Europa. Auch heute noch ist eine reichhaltige Ausstattung an natürlichen und naturnahen Lebensräumen gegeben. Das Peenetal repräsentiert typische Biotoptypen des norddeutschen Tieflandes und beherbergt eine Vielzahl besonders geschützter und vom Aussterben bedrohter Tier- und Pflanzenarten (Fischotter, Biber, See-, Schreiadler, Korn-, Wiesenweihe, Kranich, Strauchbirke, Trollblume, Mehlprimel, Lungenenzian, diverse Orchideenarten etc.).

Gefährdungen ergeben sich durch die unzureichende Gewässerqualität der Peene und durch Intensivierungs- und Meliorationsmaßnahmen der Landwirtschaft aus jüngster Zeit, die insbesondere den Moorkörper stark gefährden; in einzelnen Gebieten sind bereits Moorsackungen aufgetreten. Vorrangige Projektziele sind der Erhalt und die Sicherung der Peene als weitgehend unverbauten, nicht stauregulierten Tieflandfluss, der Erhalt der Moorkomplexe bzw. Aktivierung des Moorwachstums in gestörten Bereichen, die Wiederherstellung des natürlichen Wasserregimes auf entwässerten und gepolderten Flächen, die Extensivierung der landwirtschaftlichen Nutzung sowie die Lenkung von Tourismus- und Freizeitaktivitäten.