In einem ersten Forschungs- und Entwicklungsvorhaben wurden zunächst bundesweit verfügbare relevante Datensätze recherchiert (Biotopdaten, Biotoptypenlisten) und verglichen. Dabei konnte festgestellt werden, dass die vorhandenen Daten als Grundlage für die Errechnung des Indikators in Deutschland aufgrund ihrer Heterogenität und Unvollständigkeit nicht verwendet werden können. Deshalb wurde für Deutschland ein eigener Ansatz zur Erfassung und zum Monitoring von Landwirtschaftsflächen mit hohem Naturwert entwickelt.

Die Daten für den HNV Farmland-Indikator werden über Kartierungen auf deutschlandweit rund 900 Stichprobenflächen erhoben, die 1 x 1 km² groß sind und über 5 % Offenlandanteil aufweisen. Hierfür wird das Stichprobendesign des Monitorings häufiger Brutvogelarten in Deutschland, welches seit langem vom DDA (Dachverband deutscher Avifaunisten) verwendet wird, genutzt.

Das BfN entwickelte in Abstimmung mit den Bundesländern das Erhebungskonzept für die Erstkartierung, welches 2009 von Bund und Ländern gemeinsam durchgeführt und vom BfN koordiniert wurde. In einer Erfassungsanleitung werden die einzelnen Offenlandstrukturen, die zur Bildung des Indikatorwertes herangezogen werden, wie z. B. Grünland, Reb- und Ackerland sowie Landschaftselemente, definiert. Entscheidend für die Zuordnung sind extensive Bewirtschaftung und biologische Vielfalt der Einheiten. Zur Erfassung von flächigen Strukturen wie Grün- und Ackerland werden Kennartenlisten zur Wertermittlung herangezogen, die im Fall von Grünland aufgrund der in Deutschland unterschiedlichen Ausprägung regional differenziert sind. Wertvolle Flächen wie FFH-Lebensraumtypen und gesetzlich geschützte Biotope sind per se Bestandteil in der HNV-Kulisse, wenn es sich um im Agrarbereich befindliche Offenlandlebensräume handelt.

Nach Zusammenführung und Hochrechnung aller eingegangenen Daten wurde für 2009 in Deutschland ein Anteil der Landwirtschaftsflächen mit hohem Naturwert an der Landwirtschaftsfläche von 13,0 % ermittelt.