Die Kleine Hufeisennase ist von Irland über das südliche Europa bis nach Kirgistan und Kashmir im Osten und Nordafrika, den Sudan und Äthiopien im Süden verbreitet. In Deutschland existieren heute Vorkommen nur noch in Südostdeutschland. Die Art benötigt Habitatkomplexe aus reich strukturierter Landschaft und extensiv genutzten Kulturflächen und Wäldern.

Die Weibchen haben maximal ein Junges pro Jahr. Die Paarungszeit ist von Mitte September bis November, die Geburten finden im Juni oder Juli statt. Die Wochenstuben sind von April bzw. Mai bis September bzw. Oktober belegt. Tragzeit und Jugendentwicklung sind stark von der Witterung abhängig. Winterquartiere werden von Oktober bis April genutzt.

Lebensraum- und Quartierverlust stellen die Hauptgefährdungsursachen für die Art dar. Darüberhinaus sind die Bestände durch Holzschutzmittel und mit der Nahrung aufgenommene Pestizide beeinträchtigt worden. Es gibt Hinweise auf direkte und indirekte Beeinträchtigungen durch Zerschneidungen ehemals zusammenhängender Lebensräume durch Verkehrstrassen.

Vorrangig ist die Erhaltung der verbliebenen Sommer- und Winterquartiere als Wohn-, Brut- und Zufluchtstätten der Art sowie einer struktur- und nahrungsreichen Landschaft (mit Wäldern) in deren Umgebung. Die Maßnahmen zur Lebensraumerhaltung müssen v. a. in einem Radius von 2,5 km um Wochenstubenquartiere erfolgen.