Die Wimperfledermaus ist von Nordafrika über das südliche Europa und Kleinasien bis nach Israel, die Kaukasusregion und Afghanistan verbreitet. Als mediterranes Faunenelement tritt sie mit reproduzierenden Beständen in Deutschland nur in Süddeutschland auf. Die Quartiere finden sich in Deutschland immer in Gebäuden in Waldnähe.

Weibliche Tiere werden mit zwei Jahren trächtig. Zwillingsgeburten wurden noch nicht nachgewiesen. Paarungen finden ab Herbst statt. Die Art hält von November/Dezember bis April/Mai Winterschlaf. Die Wochenstuben werden Mitte April bis Anfang Mai bezogen. Bereits Ende Juli ist die Mehrzahl der Tiere abgewandert.

Hauptgefährdungsursachen sind die Aufgabe der traditionellen Milchviehwirtschaft (Fortpflanzungsquartiere, Nahrung: Fliegen) und die moderne Forstwirtschaft, durch die Baumquartiere vernichtet werden und die der Art bei Anwendung von Insektiziden die Nahrungsgrundlage entzieht. Ebenfalls problematisch ist u. a. der Einsatz von Holzschutzmitteln in Quartieren.

Wochenstubenquartiere in Gebäuden müssen erhalten werden. Besonders bedeutsam sind außerdem ein Fortbestand der traditionellen Michviehwirtschaft sowie die Erhaltung von laubholzreichen Wäldern im Umfeld von wenigstens 10 km um Wochenstuben. In einem Radius von 10-15 km um bekannte Quartiere sollten keine größeren Verkehrstrassen gebaut werden.