Gewässer- und Auenentwicklung ist ein Prozess zur Verbesserung des ökologischen Zustandes. Mit der Wiederherstellung ökologisch funktionsfähiger Flusslandschaften wird ein wichtiger Beitrag zum nachhaltigen Hochwasserschutz, zur Selbstreinigung der Gewässer, zur Schaffung attraktiver Freizeit- und Erholungsräume sowie zur Verbesserung der Lebensbedingungen für Pflanzen und Tiere geleistet. Seit Beginn der 1980er Jahre werden verstärkt Anstrengungen unternommen, Gewässer und Auen wieder in einen naturnahen Zustand zu versetzen. Die Möglichkeiten der Umsetzung sind vielfältig und reichen vom Rückbau von Querbauwerken, Uferdeckwerken und Deichen, über die Wiederanbindung künstlich abgetrennter Altarme, die Förderung extensiver Nutzungsformen, die Reetablierung von Auwäldern bis hin zur Renaturierung ganzer Flusslandschaften.

Im Rahmen von Bundesförderprogrammen werden im Fachgebiet „Binnengewässer, Auenökosysteme und Wasserhaushalt“ folgende Naturschutzgroßprojekte sowie Erprobungs- und Entwicklungsvorhaben betreut, die dem Schutz, der Entwicklung und der dauerhaften Sicherung von Fließgewässern und Auen dienen.