Die Region umfasst das bayerische Allgäu in den Landkreisen Oberallgäu und Ostallgäu. Kerngebiete sind die Vorland- Moore der Iller- und Lech-Vorberge und die Moore des Hinteren Bregenzer Waldes.

Die Moor- und Streulandwiesenlandschaften der Allgäuer Moorallianz zählen zu den reichhaltigsten und am besten mit Mooren ausgestatteten Gebieten in Deutschland. Nirgendwo im gesamten Alpenumfeld ist der Übergang zwischen Mooren im alpinen Raum und im Alpenvorland so gut erhalten wie hier. Die Ostallgäuer Allmendweideregion ist zudem ein bundesweiter Schwerpunkt naturnaher Moorweiden. Im Projektgebiet sind zahlreiche moortypische Arten wie Hochmoor-Gelbling und Alpen- Mosaikjungfer sowie "Glazialrelikte" wie Moor-Birke, Torf- Segge und schlankes Wollgras verbreitet. In den Allgäuer Mooren leben über 90 bundesweit stark gefährdete oder vom Aussterben bedrohte Arten, darunter Seltenheiten wie Blauschillernder Feuerfalter, Zwerglibelle und Kreuzotter. In den Vorlandmooren finden sich mehrere bundesweit bedeutsame, teilweise unbeeinträchtigte Hochmoorkerne mit weitgehend ursprünglicher und vollständiger Zonierung. Die Hochlagenmoore des Hinteren Bregenzer Waldes sind einer der Schwerpunkträume für Birk- und Auerhuhn im Bayerischen Alpenraum.

Im Kern-Projektgebiet der Allgäuer Moorallianz bestehen derzeit acht Naturschutzgebiete mit einer Fläche von 1.830 ha und rund ein Viertel des Gesamtgebietes (10.254 ha) ist als FHH-Gebiet gemeldet. Dennoch sind mehr als 90 Prozent der Allgäuer Moore entwässert oder auf andere Art geschädigt; nur 5 bis 10 Prozent sind noch als naturnah, maximal 1 Prozent als natürlich zu bezeichnen. Auf die Entwässerung folgte häufig der Torfabbau. Ehemals ausgedehnte, Moor begleitende Nass- und Streuwiesen wurden drainiert, intensiviert und durch Wiesengrünland ersetzt. Auf den landwirtschaftlich genutzten Flächen dominiert die hauptgewerbliche Milchviehhaltung. In höheren Lagen spielt die Alpwirtschaft eine bedeutende Rolle. Durch den verhältnismäßig hohen Viehbestand erfolgen Stoffeinträge in die Gewässer und Moorflächen. Aktuelle Entwicklungen wie beispielsweise der "Bio-Gas"-Boom führen zu einer starken Nachfrage nach landwirtschaftlichen Nutzflächen und Biomasse. Dadurch werden Extensivierung und der Ankauf von Flächen erheblich erschwert.

Das naturschutzfachliche Ziel des Projekts ist, die wertvollsten Kerngebiete der Allgäuer Moore durch einen intakten Wasserhaushalt und eine angepasste Nutzung zu sichern und zu entwickeln. Dies soll insbesondere durch eine Wiedervernässung der Hoch- und Übergangsmoore, einen Rückbau von Drainagen und eine naturnahe Umgestaltung der Bäche erreicht werden. Der Grünlandgürtel um die Moore soll durch Heumahd und Beweidung naturverträglich bewirtschaftet werden. In den Hochlagenmooren soll die Alpwirtschaft durch eine Verbesserung der Weideführung so erfolgen, dass die wertvollen Moorflächen offen gehalten werden. Im Umfeld soll die Nutzung extensiviert werden. Artenreiche Magerwiesen sollen zurückentwickelt, trittempfindliche Moorgewässer und Quellbereiche, empfindliche Übergangsmoore sowie Schwingrasen besonders geschützt werden. Eine Durchforstung der Waldbestände um die Moore und Streuwiesen soll die Entwicklung strukturreicher Wald-Offenlandübergänge fördern als Lebensräume für Birk- und Auerhuhn.

Zu den sozioökonomischen Zielen gehören insbesondere die Sensibilisierung und Information der Bevölkerung und der politischen Entscheidungsträger für die wertvollen Moorlandschaften, die Förderung eines "Moortourismus" sowie die Entwicklung von Vermarktungsstrategien für landwirtschaftliche Produkte aus der Region der "Allgäuer Moorallianz". So soll beispielsweise die Streu der Streuwiesen mit zeitgemäßer Technik und in hoher Qualität über eine Streubörse vermarktet werden. Ein eigenes Markenzeichen für landwirtschaftliche Produkte und touristische Angebote soll Partnerbetrieben der Allgäuer Moorallianz neue Vertriebsmöglichkeiten öffnen. Moor-Erlebniswege und -stationen sowie ein Moor-Radweg sollen Besucher in die weniger störanfälligen Moorbereiche führen. Als Anlaufstellen für Nahverkehr und Tourismus werden vorhandene Almen und Gasthäuser genutzt. Über ein gezielte Umweltbildungs- und Öffentlichkeitsarbeit soll die ansässige Bevölkerung über den Moorschutz informiert werden. Interessierte Bürger können sich zu "Moor-Führern" ausbilden lassen. Als Koordinierungs- und Anlaufstelle soll ein Kulturlandschaftshof mit einem Moormuseum etabliert werden. An stark frequentierten Standorten im Projektgebiet ist die Aufstellung eines Moor-Pegels bzw. C0₂-Barometers geplant. Sie sollen anzeigen, wie viele Moorflächen durch das Projekt wiederhergestellt wurden und wie viel C0₂ dadurch gebunden werden konnte.