Wenn wir von Fließgewässersystemen sprechen, nehmen wir das gesamte Gewässer mitsamt seinem Wassereinzugsgebiet in den Blick, angefangen bei der Quelle, den Nebenbächen und -flüssen bis hin zur Mündung. Es gibt für Fließgewässer die Begriffe Quelle, Rinnsal, Bach, Fluss und Strom je nach ihrer Größe und der Wassertransportmenge. Die Begriffe Graben, und Rinne, Drainage und Kanäle bezeichnen künstliche Wasserkörper. Die abzuführenden Wassermengen sind je nach der Niederschlagsmenge in der Region sehr unterschiedlich.

Bekanntlich führen Hochwässer fast jedes Jahr zu großräumigen Überschwemmungen. Das kommt daher, dass man die Flüsse in der Vergangenheit immer mehr begradigt und im Flussbett eingezwängt hat. Dem „System Fließgewässer“ ist großflächig das Auenland abhanden gekommen. Ein Gewässersystem in Deutschland wächst wegen der insgesamt guten Ausstattung mit Niederschlagswasser mit jedem Kilometer, den das Wasser von der Quelle abwärts zurücklegt. Es fließt hier bei uns also mehr ab als verdunstet oder versickert. Am Ende steht der stattliche Fluss oder gar ein richtiger Strom, der zehntausende Liter Süßwasser pro Sekunde ins Meer schickt.

Als Strom wird ein großer Fluss bezeichnet, der kein Nebenfluss ist und ins offene Meer mündet, sowie eine Länge von mindestens 500 Kilometern und ein Einzugsgebiet von mindestens 100.000 Quadratkilometern hat. Die Donau ist mit ca. 2800 Kilometern der zweitlängste Strom Europas - die Wolga der längste (Rhein ca. 1200 Kilometer). In Deutschland haben wir sechs große Fließgewässersysteme (im Norden noch einige kleinere). Diese Wassereinzugsgebiete sind durch Bergrücken strikt voneinander getrennt. Die trennenden Höhenkämme nennt man Wasserscheiden, weil sie das eine Wassereinzugsgebiet vom anderen scheiden (trennen).

Vier Systeme (Ems, Rhein, Elbe, Weser) entwässern nach Norden in die Nordsee (Randmeer des Nord-Atlantischen Ozeans), wobei die Ems das kleinste Einzugsgebiet mit den wenigsten Höhenstufen aufweist. Die Oder entwässert zwar ebenfalls in den Atlantik, jedoch zunächst über die Ostsee. Als einziges Gewässersystem Deutschlands entwässert die Donau nach Süden in das Schwarze Meer. Alle Gewässersysteme sind heutzutage über schiffbare Kanäle miteinander verbunden, so dass bis zu einem gewissen Grad ein Netz von Wanderungs- und Ausbreitungsstrecken für Tierarten neu entstanden ist. Das führt zu Phänomenen, dass z.B. die Asiatische Körbchenmuschel aus dem Schwarzmeer bis in das Rheinsystem vorgedrungen ist und sich dort offensichtlich pudelwohl fühlt ( siehe auch "Blinde Passagiere").  

Fluss ist nicht gleich Fluss und Bach ist nicht gleich Bach. Jedes Gewässer hat sein eigenes Milieu, seine Besonderheiten und seine eigene Tier- und Pflanzenwelt. Und doch kann man neben den individuellen Unterschieden auch typische Gemeinsamkeiten entdecken: Ein Fließgewässersystem besteht aus mehreren Regionen.

Zuerst die „Quellregion“ in der nur wenige Spezialisten leben können, weil das Wasser sehr kalt und nährstoffarm ist, anschließend die „Forellenregion“ mit der Leitart „Bachforelle“. Diese beiden Regionen befinden sich stets am Oberlauf (von oben kommend) eines Fließgewässers. Das Wasser ist selten über 10°C warm, sauerstoffreich und nährstoffarm (oligotroph). Der Spezialisierungsgrad der Biozönose (Lebensgemeinschaft) ist hier sehr hoch.

Daran schließt sich bei nun schon geringerem Gefälle und geringerer Fließgeschwindigkeit die „Äschenregion“ (Oberlauf/Mittellauf) mit ihrer typischen Biozönose an, deren Leitart die Äsche darstellt. Zwar gibt es hier auch noch Forellen, aber hauptsächlich die eingesetzten nordamerikanischen Regenbogenforellen, die nicht so sauerstoff-“hungrig“ sind. 

Irgendwann verlässt der Fluss die Bergregionen und kommt im Tiefland an. Hier ist das Strömungsgefälle nicht mehr groß, das Wasser strömt nur noch gemächlich dahin und es erwärmt sich immer mehr. Er hat nun die „Barbenregion“ erreicht. Hier im Mittellauf hat das Wasser öfters 15 ° C und mehr. Entsprechend, wie die Temperatur zunimmt, nimmt die Sauerstoffsättigung des Wassers ab.

Kurz vor der Mündung ins Meer -im Unterlauf, beginnt die „Brachsenregion“. Das ist der artenreichste Flussabschnitt. Im fast gefällefreien Gelände schlängelt der Fluss sich träge dahin. Er hat nun viele Nährstoffe aufgenommen (hoher Eutrophiegrad) und neigt dazu, alle paar Jahre sein Bett zu verlassen, um sich ein neues daneben zu graben. So entsteht eine vielfältige Auenlandschaft, die durch häufige Überschwemmungen und Umlagerungen gekennzeichnet ist.

Den Schlusspunkt setzt die „Kaulbarsch-Flunderregion“, die Deltaregion eines Flusses, in dem das mitgeführte Süßwasser sich mit dem salzigen Meerwasser vermischt (Brackwasser). Auch dieser Lebensraum ist ein ganz spezieller, weil es nicht viele Organismen gibt, die mit solchen Verhältnissen zurechtkommen. Ihr Stoffwechsel muss so flexibel sein, dass sie beides, sowohl Süßwasser, als auch Salzwasser vertragen können. Das können nicht viele Arten. Einige Fischarten, die diese unsichtbare Grenze regelmäßig überschreiten, sind Kaulbarsch, Stör, Meerforelle, Lachs, Hecht, Aal und Dreistachliger Stichling.