Wenn Güter, die die Natur direkt bereitstellt, in gleicher oder ähnlicher Form auch marktmäßig gehandelt werden (z. B. Pilze, Fische, Wild), kann man sich zu ihrer Bewertung an Marktpreisen orientieren (Marktpreismethode). Voraussetzung ist u. a., dass die Produkte in vergleichbarer Qualität auf eine vergleichbare Nachfragesituation stoßen. Dies ist nicht immer gewährleistet. Beispiele sind die Blaubeeren, die im Wald auf der Wanderung besonders gut schmecken oder der frisch vom Hausherrn geangelte Fisch, der zum Unmut der übrigen Familienmitglieder schon wieder verwertet werden muss.

Die Produktionskostenmethode kann man anwenden, wenn die Änderung von Ökosystemen die Kosten zur Produktion von Gütern beeinflusst. Beispiele wären ein erhöhter Aufwand zur Grundwasserreinigung durch Umbruch von Grünland zu Ackernutzung mit erhöhtem Düngemitteleintrag oder ein erhöhter Aufwand bei der landwirtschaftlichen Produktion, der sich langfristig durch eine zunehmende Bodenerosion ergibt, die durch die Beseitigung von Hecken und anderen Kleinstrukturen ausgelöst wurde.

Viele Regulationsleistungen beeinflussen die Wirkungen natürlicher Gefahren (Hochwasser, Lawinen und Muren, Sturmschäden etc.) sowie anthropogen verursachter Risiken (Klimaerwärmung, Luftschadstoffe, stadtklimatische Belastungen). Zur Bewertung lassen sich dafür zum Teil die Schadens-kostenmethode ( Schäfer 2010,  Grossmann et al. 2010) sowie die Vermeidungs-, Reparatur-, Ersatz- und die Wiederherstellungs-kostenmethode einsetzen. Hier wird untersucht, inwieweit Schäden oder Kosten zu ihrer Vermeidung und Reparatur (einschließlich Krankheitskosten) durch Veränderungen von Ökosystemen entstehen oder vermieden werden.

Generell gilt in der Ökonomie der Grundsatz, dass ein Ziel mit möglichst geringen Kosten erreicht werden sollte. Wenn ein Schaden einen geringeren Wert hat als die Kosten seiner Reparatur, ist es für alle günstiger, die geschädigte Person monetär zu entschädigen als den Schaden reparieren zu lassen. Entsprechendes gilt, wenn die Schadensvermeidungskosten höher sind als der Schaden. Wenn der Schaden dagegen höher ist als Vermeidung oder Reparatur, sind als Grundlage zur Bewertung diejenigen, unter realistischen Bedingungen umsetzbaren, Vermeidungs- oder Reparaturvarianten heranzuziehen, die am günstigsten sind. Man spricht hierbei vom least-cost Prinzip.

Mit den oben genannten Methoden inhaltlich eng verbunden ist der Alternativkostenansatz. Oft werden beim Alternativkostenansatz nicht faktisch auftretende Kosten bewertet, sondern die Kosten theoretisch möglicher Varianten, um ein Ziel alternativ zu erreichen. Beispiele sind die Bewertung der zusätzlichen Selbstreinigungskraft eines renaturierten Gewässers anhand der alternativ erforderlichen Maßnahmen zur Reduzierung des Schadstoffeintrages durch die Landwirtschaft oder durch den Bau zusätzlicher Kläranlagen um den gleichen Effekt auf die Wasserqualität zu erreichen (z. B. Studie  "Ökonomische Bewertung naturverträglicher Hochwasservorsorge an der Elbe"). Die Erosionsschutzwirkung von Hecken und Kleinstrukturen ließe sich nicht nur, wie oben dargestellt, mit der Produktionskostenmethode, sondern auch anhand alternativer gleich wirksamer bodenerhaltender Bewirtschaftungsmaßnahmen auf den Produktionsflächen selber bewerten. Ob ein entsprechender Alternativkostenansatz zulässig ist, ist davon abhängig, ob die gesellschaftlichen Ziele ausreichend bindend formuliert sind. Streng genommen führt der Alternativkostenansatz nur dann zu einem korrekten Ergebnis, wenn die Ziele so bindend formuliert sind, dass die nötigen Maßnahmen zur alternativen Zielerreichung (in nicht allzu langer Zukunft) auch tatsächlich umgesetzt werden.

Eine spezielle Methode zur  Bewertung von wohnungsnahem Grün ist die sogenannte Hedonische Methode (hedonic-pricing). Hierbei versucht man durch statistische Analyse den Einfluss der wohnungsnahen Grünausstattung auf Immobilienpreise zu erfassen.

Ein ganzer Kanon unterschiedlicher Methodenvarianten verbirgt sich hinter dem Begriff der Reisekostenmethode, die vor allem zur Bewertung von Erholungsgebieten verwendet wird. Hierbei analysiert man die Anzahl an Reisen in ein Gebiet oder in einen bestimmten Gebietstyp, in Abhängigkeit von den Erreichungskosten (Kosten und Zeitaufwand der Anreise), sowie der Qualität des Gebietes. Auf Basis dieser Daten kann eine Nachfragefunktion für Erholung ermittelt werden, bei der die Erreichungskosten die Zahlungsbereitschaft wiederspiegeln. Da Besucher mit geringen Erreichungskosten die höheren Zahlungsbereitschaften real nicht aufbringen müssen, realisieren diese eine sogenannte Konsumentenrente (sie zahlen weniger als sie theoretisch zu zahlen bereit wären). Die Summe aller Konsumentenrenten ergibt den Gesamtnutzen der Erholung.

Zusätzlich oder alternativ zu den oben genannten Methoden kann man alle Ökosystemleistungen auch auf der Grundlage direkter Befragungen nach der Zahlungsbereitschaft für oder gegen eine Verbesserung oder Verschlechterung abschätzen ( Zahlungsbereitschaftsanalyse, Choice Analyse). Reisekostenanalysen und Zahlungsbereitschaftsanalysen erbringen, angewendet auf das gleiche Bewertungsobjekt, oft relativ nah beieinander liegende Ergebnisse. In Fällen, in denen die Aussagefähigkeit direkter Befragungen begrenzt ist, z. B. wegen Wissenslücken bei den Befragten, kann es sinnvoll sein, zusätzlich noch andere Methoden anzuwenden.

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 Methoden zur Erfassung von Nicht-Gebrauchswerten. Dort wird auch das Problem der Doppelzählung näher beleuchtet.
 Übertragung von Bewertungsergebnissen (Benefit Transfer)