• Entgegennahme von Sorgfaltserklärungen der Nutzer,
• Entgegennahme und Prüfung von Anträgen zur Registrierung von Sammlungen sowie regelmäßige Überprüfung der Registrierungsvoraussetzungen,
• Anlassbezogene und planbasierte Kontrollen von Nutzern genetischer Ressourcen und darauf bezogenem traditionellem Wissen,
• Intervention und gegebenenfalls Sanktion bei Verstößen gegen die Sorgfalts-, Erklärungs- und Mitwirkungspflichten der Nutzer,
• Kooperation mit zuständigen Behörden in den Bereitstellerländern, 
• Ansprechpartner und Beratungsstelle für alle Nutzer und Sammlungen in Deutschland.

Im Rahmen des Vollzugs arbeitet das BfN bei genetischen Ressourcen für Ernährung und Landwirtschaft eng mit der Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung (BLE) sowie bei Humanpathogenen mit dem Robert Koch-Institut (RKI) zusammen. Festlegungen zur Gestaltung des jeweiligen Vollzugs werden im Einvernehmen mit diesen Behörden getroffen, wobei Einzelheiten in Verwaltungsvereinbarungen geregelt sind.

Das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, nukleare Sicherheit und Verbraucherschutz (BMUV) ist als nationale Anlaufstelle für die internationale Berichterstattung zum Nagoya-Protokoll zuständig.