Das Schutzgebietssystem Natura 2000 bildet europaweit ein zusammenhängendes ökologisches Netz von Gebieten, in denen die erforderlichen Maßnahmen zur Erhaltung der biologischen Vielfalt getroffen werden sollen. Die Einrichtung des Netzes Natura 2000 geht zurück auf Regelungen der FFH-Richtlinie (Richtlinie 92/43/EWG) und ist in Deutschland seit der Umsetzung in nationales Recht im April 1998 rechtsverbindlich. Natura 2000 schließt ausdrücklich auch die Gebiete nach der Vogelschutzrichtlinie (Richtlinie 79/409/EWG) mit ein.

Mit der FFH-Richtlinie wird der Erkenntnis Rechnung getragen, dass der Erhalt der biologischen Vielfalt nicht alleine durch den Schutz einzelner Habitate, sondern nur durch ein kohärentes Netz von Schutzgebieten erreicht werden kann. Zu diesem Zweck sind in den Anhängen der Richtlinie Lebensraumtypen (Anhang I) und Arten (Anhang II) aufgeführt, für die Gebiete nach den Kriterien des Anhangs III ausgewiesen werden müssen.

Für die Besonderen Erhaltungsgebiete (BEG oder Special Area of Conservation, SAC) legen die Mitgliedstaaten die notwendigen Maßnahmen fest, die ggf. geeignete, eigens für die Gebiete aufgestellte oder in andere Entwicklungspläne integrierte Bewirtschaftungspläne und geeignete Maßnahmen rechtlicher, administrativer oder vertraglicher Art umfassen (Art. 6 Abs. 1 FFH-Richtlinie). Die "FFH-Gebiete" werden von den Bundesländern nach EU-weit einheitlichen Standards (FFH-Richtlinie, Anhang III) ausgewählt und unter Schutz gestellt.

Die Schutzgebiete für die Arten des Anhangs I der Vogelschutzrichtlinie sollen aufgrund ihrer zahlen- und flächenmäßigen Eignung ausgewählt werden. Für die regelmäßigen Zugvogelarten besteht die Verpflichtung, hinsichtlich ihrer Vermehrungs-, Mauser- und Überwinterungsgebiete sowie der Rastplätze in ihren Wanderungsgebieten entsprechende Schutzmaßnahmen zu ergreifen.

Die Vogelschutzgebiete werden als Besondere Schutzgebiete (BSG) bzw. Special Protection Areas (SPA) bezeichnet. Sie werden nach EU-weit einheitlichen Standards von den Bundesländern ausgewählt und unter Schutz gestellt.

Der Schutz der Besonderen Schutzgebiete ist in Art. 3 der Vogelschutzrichtlinie geregelt. Demnach sind die Mitgliedstaaten aufgefordert, die nötigen Erhaltungs- oder Wiederherstellungsmaßnahmen zu treffen, die Lebensräume der Vogelarten sowohl innerhalb als auch außerhalb der Schutzgebiete zu pflegen und zu gestalten, zerstörte Lebensstätten wiederherzustellen oder Lebensstätten neu zu schaffen.