Für die Ableitung notwendiger Maßnahmen wurden zunächst mögliche Defizite der aktuellen Erhaltungsgrade der besonders geschützten Lebensraumtypen und Arten ermittelt. Dazu wurden sogenannte „Ist-Zustände“ mit den jeweiligen Zielzuständen der einzelnen Schutzgüter in den Schutzgebieten verglichen und so vorhandene Defizite erkannt. Sandbänke wiesen in allen drei Schutzgebieten mittlere bis starke Defizite im Erhaltungsgrad auf. Auch der Erhaltungsgrad der Riffe im Borkum-Riffgrund und im Sylter Außenriff zeigte ein mittleres bis starkes Defizit. Die in den Managementplänen beschriebenen Maßnahmen dienen daher insbesondere der Wiederherstellung des guten Erhaltungsgrades für diese gefährdeten Lebensraumtypen.

Darüber hinaus sollen die Maßnahmen dazu dienen, eine Verschlechterung der Erhaltungsgrade aller Schutzgüter zu vermeiden bzw. die Erhaltungsgrade weiter zu verbessern. Dies gilt für die anadromen Wanderfische wie Finte und Flussneunauge mit einem Defizit im Erhaltungsgrad ebenso wie für die Meeressäugetiere Schweinswal, Kegelrobbe und Seehund.

Sowohl bei den genannten Lebensraumtpyen als auch den genannten Arten sind anthropogene Nutzungen ursächlich für den defizitären Erhaltungsgrad bzw. die Gefährungen der Schutzgüter. Die Managementpläneenthalten somit vor allem Maßnahmen, die negative Auswirkungen solcher Nutzungen reduzieren sollen.. Sie beziehen sich beispielsweise auf die Auswirkungen von Berufsschifffahrt, die Aufsuchung von Kohlenwasserstoffen oder den Sand- und Kiesabbau. Die jeweiligen Maßnahmen sind in verschiedene Gruppen unterteilt. Bis zum Ende des ersten Sechs-Jahres-Zyklus sollen zumindest die Maßnahmen mit hoher Priorität soweit umgesetzt sein, wie dies im Rahmen der nationalen Zuständigkeiten möglich ist. Für Maßnahmen mittlerer Priorität soll im gleichen Zeitraum mit der Umsetzung konzeptioneller Schritte begonnen werden. Die Maßnahmenprogramme setzen auch auf eine Intensivierung der Kommunikation und Kooperationen mit verantwortlichen Stellen sowie Interessen- und Nutzergruppen.

Schweinswale (Phocoena phocoena) und Prachttaucher (Gavia arctica) können sehr empfindlich auf Schiffsverkehr reagieren – Maßnahmen zur Vermeidung von Scheuchwirkungen und Lärm sind in den Managementplänen dargestellt.