Wenn ein Plan oder ein Projekt einzeln oder im Zusammenwirken mit anderen Projekten oder Plänen ein Gebiet des Netzes „Natura 2000“ erheblich beeinträchtigen könnte, so schreibt das Gemeinschaftsrecht mit Art. 6 Abs. 3 der FFH-Richtlinie (FFH-RL) die Prüfung der Verträglichkeit dieses Projektes oder Planes mit den festgelegten Erhaltungszielen des betreffenden Gebietes vor. Diese Vorgabe des Art. 6 Abs. 3 FFH-RL ist 1998 insbesondere mit den §§ 19c Abs. 1f. u. 19d BNatSchG in das deutsche Naturschutzrecht umgesetzt worden, die nunmehr in die §§ 34ff. BNatSchG übergegangen sind.
Die Zulässigkeit bzw. Durchführbarkeit eines Projektes oder Planes hängt demnach vor allem vom Ergebnis einer Verträglichkeitsprüfung ab (FFH-Verträglichkeitsprüfung – FFH-VP). Bei negativem Ergebnis der FFH-VP ist eine Genehmigung nur ausnahmsweise unter restriktiv auszulegenden Bedingungen möglich.