Das Gebiet stellt den flächenmäßig größten und qualitativ bedeutensten Moorkomplex der Alpenrandmoore in Mitteleuropa dar. Hier verbinden sich großflächig Streuwiesen, Nieder- und Übergangsmoore, Quelltrichter, Altwasser und Restseen mit voll ausgebildeten Hochmooren zu einem Komplex von Lebensräumen mit vielen seltenen und gefährdeten Tieren und Pflanzen. Zu den bundesweit gefährdeten Arten zählen u.a. Herbst-Wendelorchis, Wanzen-Knabenkraut, Glanzorchis, Sibirische Schwertlilie, Karlszepter, Torf-Segge, Zierliches Wollgras, Moor-Binse, Moor-Steinbrech, Heidelbeer-Weide, Niedrige Birke, Wachtelkönig, Weißrückenspecht, Raubwürger und Kreuzotter. 

Ziel des Projektes ist es, die Gesamtheit der natürlichen oder naturnahen Lebensräume insbesondere die Feuchtgebiete, Magerrasen, Moorwälder und die Wälder der sog. Köchel großflächig und dauerhaft zu sichern und gemäß den Vorgaben des Naturschutzes zu entwickeln. Vielfältige Lebensräume wie das Murnauer Moos würden nicht überleben, wenn ihre naturnahen Biotope wie zum Beispiel die Moore isoliert in einer ansonsten intensiv genutzten Umgebung lägen. Bisher konnten rund um die Moore traditionell genutzte Flächen wie extensive Weiden oder die Streuwiesen großflächig aufrechterhalten werden. Besonders in den südlichen Teilen des Gebietes ist jedoch seit einigen Jahren eine Vergrößerung der Parzellen und damit einhergehend die Intensivierung der landwirtschaftlichen Nutzung zu beobachten. Daneben wirkt sich aber gerade die Nutzungsaufgabe der Streuwiesen zunehmend negativ auf die Struktur und Bestände der Flora und Fauna aus. Es ist daher ein zentrales Anliegen dieses Naturschutzgroßprojektes, Streuwiesen dauerhaft zu erhalten. Dort, wo durch Nutzungsaufgabe Flächen verbuschen oder verschilfen, werden durch geeignete Maßnahmen die ursprünglichen Lebensräume wiederhergestellt.