In Deutschland gibt es viele, vorwiegend ehrenamtliche Erfassungsprogramme von Vogelarten, auf denen basierend ein naturschutzfachlich weiterentwickeltes überregionales Monitoringprogramm erstellt wurde. Grundlegend für das Monitoring sind einerseits das  Konzept für ein naturschutzorientiertes Tierartenmonitoring - am Beispiel der Vogelfauna (Stickroth et al. 2003) und andererseits die Steckbyer Grundsätze und Ziele zum Vogelmonitoring in Deutschland (Gedeon et al. 2003). Die existierenden Monitoringprogramme wurden in den letzten vier Jahren methodisch und konzeptionell überarbeitet.

Der aktuelle Bericht "Vögel in Deutschland 2009" stellt die aktuelle Situation der Brutvögel und rastenden Wasservögel in Deutschland dar. Schwerpunkt des Heftes ist die Bewertung der Erfolge und Misserfolge der EG-Vogelschutzrichtlinie, die 2009 ihr 30-jähriges Jubiläum feiert. Die EG-Vogelschutzrichtlinie verpflichtet zum Schutz aller Vogelarten, dennoch hat sich die Situation gegenüber dem Jahr 2008 weiter verschlechtert: Vögel der Agrarlandschaft und Bodenbrüter nehmen weiter ab. Über den in der Studie ausgewerteten kurzfristigen Zeitraum der letzten 5 Jahre haben mittlerweile 27 von 64 häufigen Brutvogelarten eine Abnahme ihrer Bestände hinnehmen müssen - beim Vorjahresbericht waren es noch 21 Arten.
Einen besonderen Schutz sieht die Vogelschutzrichtlinie für Zugvögel und bedrohte, im Anhang I der Richtlinie aufgeführten Arten vor. Im Unterschied zu einer EU-weiten Studie, die insgesamt Verbesserungen für Anhang I-Arten zeigte, ist die Bilanz in Deutschland ernüchternd, da knapp 50 % der Anhangsarten immer noch auf der Roten Liste stehen.
Von den Schutzbemühungen haben Vogelarten wie Großtrappe, Wiesenweihe oder Schwarzstorch profitiert, für die aufwändige und zielgerichtete Schutzprogramme aufgelegt wurden. Auch regionale Anstrengungen zum Schutz von Feldvögeln wie Feldlerche und Ortolan zeigen, dass Erfolge möglich sind, wenn beispielsweise landwirtschaftliche Fördermittel dazu eingesetzt werden, Randstrukturen oder auch ganze Nutzflächen ohne Pflanzenschutzmittel, Dünger und Beregnung zu bewirtschaften.
Ein wichtiges Fazit von Vögel in Deutschland 2009 ist, dass es das Ziel sein muss, die staatlichen Fördermittel stärker an Leistungen der Land- und Forstwirtschaft für den Naturschutz zu koppeln und sie zukünftig großflächig zum Schutz der Vogelwelt wie auch der typischen Tier- und Pflanzenwelt der Agrarlandschaft einzusetzen.

Ein vom BfN mit Mitteln des BMU gefördertes  Forschungs- und Entwicklungsvorhaben "Monitoring von Vogelarten in Deutschland" wurde vom  Dachverband Deutscher Avifaunisten (DDA) durchgeführt. Der DDA baute in diesem Vorhaben zusammen mit dem Naturschutzbund Deutschland und der Deutschen-Ornithologen Gesellschaft sowie den Vogelschutzwarten der Länder ein bundesweit abgestimmtes Monitoring von Vogelarten auf (Mitschke et al. 2005, Mitschke & Ludwig 2004). Die in diesem Forschungs- und Entwicklungsvorhaben entwickelte Zusammenarbeit zwischen der Länderarbeitsgemeinschaft der Vogelschutzwarten (LAG-VSW), dem DDA und dem BfN hat sich für die Durchführung des Vogelmonitorings in Deutschland bewährt. Im Oktober 2006 wurde diese Zusammenarbeit durch das  Helgoländer Positionspapier bekräftigt, der Bedarf für die zukünftige Weiterführung der Zusammenarbeit wurde dargelegt.

Seit dem 1. Januar 2008 ist eine Bund-Länder-Verwaltungsvereinbarung zum Vogelmonitoring in Deutschland in Kraft getreten. Die Verwaltungsvereinbarung regelt, dass Bund und Länder gemeinsam die bundesweite Koordination der ehrenamtlichen Vogelmonitoringprogramme, die Datenzusammenführung und -auswertung durch den DDA finanzieren. Ziel ist die langfristige Absicherung des Vogelmonitorings, um die Daten fortlaufend für Naturschutzfragen einsetzen zu können.

Die im Monitoring erhobenen Informationen über Bestandsentwicklung und darüber hinaus Angaben über die Verbreitung, den Rote-Liste-Status, Brut- und Rastbestände sowie Schutzinstrumente sind über das Informationsangebot  "Vögel in Deutschland" des DDA abrufbar.

Folgende Programme des Vogelmonitorings werden derzeit verfolgt: Monitoring häufiger Brutvogelarten; Monitoring gefährdeter und geschützter Brutvogelarten; Monitoring rastender Wasservögel.

In diesem Monitoringprogramm werden seltene und mäßig häufige Arten erfasst. Die Basis dieses Monitorings bildet das Monitoring seltener Vogelarten, welches 1956 (in der DDR) bzw. 1977 (in der BRD) begonnen wurde. Ziel des Monitoringprogrammes ist es, Informationen über gefährdete und geschützte Arten zu erhalten, um Schutzprogramme und Schutzmaßnahmen entwickeln, überprüfen und umsetzen zu können.

Die Ergebnisse der Programme bilden die Datengrundlage für die Gefährdungseinstufung der Vogelarten (Rote Liste), die Erfüllung internationaler Berichtspflichten (z. B. EG-Vogelschutzrichtlinie, Ramsar-Konvention) und naturschutzbezogene Indikatoren (z. B. Nachhaltigkeitsindikator für die Artenvielfalt).

Das Monitoring geschützter und gefährdeter Brutvogelarten wird durch Erhebungen der Vogelschutzwarten der Länder (bzw. Arbeiten in deren Auftrag) und durch ehrenamtliche Kartierungen ermöglicht. Mit einer verbesserten Zählmethodik ("Zählgebietsansatz"), die sich bereits beim Monitoring von Wiesenbrütern bewährt hat, soll zukünftig der Datenfluss beschleunigt werden, um bundesweite Übersichten schneller und genauer erstellen zu können. Die Bestandsentwicklung der Uferschnepfe (Limosa limosa) wurde aus zahlreichen Einzelerhebungen, lokalen und regionalen Monitoringprogrammen errechnet. Dabei wurde der Zählgebietsansatz modellhaft zu Grunde gelegt. Bei der Uferschnepfe zeigt sich vor 1980 sich trotz starker Schwankungen, die auf ungenaue Kartierungsergebnisse zurückzuführen sind, eine Abnahme der Bestände. Nach 1980 erfolgte zunächst eine Stabilisierung, dann gingen seit Mitte der 90er Jahre die Bestände weiter zurück.