Mit dem Inn als längstem und wasserreichstem Fluss der nördlichen Alpen stellt die Innaue eine bedeutende Flußlandschaft dar. Durch zahlreiche wasserbauliche Aus- und Umbaumaßnahmen am Inn und in der Aue hat sich das Landschaftsbild der ursprünglichen "Wildflußlandschaft" jedoch stark verändert. Der Inn ist mittlerweile großflächig kanalisiert und besitzt zahlreiche Staustufen; Überschwemmungsbereiche sind kaum noch vorhanden. Große Auwaldbereiche wurden gerodet und werden heute landwirtschaftlich genutzt.
Wasserbauliche Regulierungsmaßnahmen am Inn haben die Voraussetzung für eine intensive Landwirtschaft geschaffen. Neben der Grünlandnutzung findet sich in der Aue ein hoher Ackeranteil.
Die Innaue zeichnet sich trotz bestehender und zum Teil erheblicher Beeinträchtigungen durch ihre relative Naturnähe, Struktur- und Biotopausstattung, sowie ihre Funktion als weitreichende Verbundachse aus.Von naturschutzfachlicher Bedeutung ist die Vogelfreistätte Wasserburger Inn mit ihren Leitenwäldern. Sie ist wichtiger Wasser- und Sumpfvogellebensraum sowie Rast- und Mauserplatz, teilweise ist sie als Schutzgebiet (FFH-Gebiet, EU-Vogelschutzgebiet, NSG) ausgewiesen.