Das Referat „Verwaltungsmäßige Bearbeitung von Naturschutzvorhaben“ betreut Naturschutzvorhaben in allen Phasen administrativ. Es bereitet die administrativen Teile von Förderbekanntmachungen vor, berät Interessenten und Antragstellerinnen und Antragsteller, prüft Förderanträge, bewilligt oder lehnt Fördermittel ab und betreut bewilligte Projekte während ihrer Laufzeit bis hin zur Prüfung des Verwendungsnachweises. Darüber hinaus koordiniert das Referat den naturschutzfachlichen Teil der Ressortforschung des Bundesumweltministeriums und vergibt und betreut Aufträge für Forschungs- und Entwicklungsleistungen.