Für die AWZ ist das Bundesamt für Seeschifffahrt und Hydrographie (BSH) die zuständige Genehmigungs- bzw. Planfeststellungsbehörde. Das BfN, als die für diesen Meeresbereich zuständige Naturschutzbehörde, nimmt im Rahmen der Zulassungsverfahren für Offshore-Windparks in der AWZ Stellung zu den naturschutzfachlichen und -rechtlichen Anforderungen. Innerhalb der Küstengewässer, liegt die Zuständigkeit für die Zulassung von Anlagen bei den jeweiligen Landesbehörden.

Das Ausbauziel für 2020 von 6,5 GW wurde erreicht: mit Stand vom September 2020 sind in den deutschen Meeresbereichen von Nord- und Ostsee (Küstenmeer und AWZ) 27 Offshore-Windparks mit 1501 Turbinen und rund 7,4 GW installierter Leistung am Netz.

Darüber hinaus sind weitere 5 Windparks mit 362 Turbinen und über 2,2 GW Leistung genehmigt. Zusätzlich sind zurzeit noch 5 Windparks beantragt, die zusammen über 1,3 GW Leistung bringen sollen. In der Summe sind damit 37 Offshore-Projekte mit einer installierten Gesamtleistung von fast 11 GW in Betrieb, im Bau, genehmigt oder geplant. 

Die Bundesregierung hat in ihrer Strategie zur Windenergienutzung auf See 2002 als einen der strategischen Eckpunkte festgelegt, dass diese Energieform umwelt- und naturverträglich gestaltet werden soll. U. a. dazu wurden potenzielle Eignungsgebiete für Windkraftanlagen in der AWZ von Nord- und Ostsee identifiziert.  Auch um angesichts der großen Zahl an Verfahren innerhalb der deutschen Meeresgebiete vorausschauende Planung zu betreiben und dabei bereits im Vorfeld mögliche Nutzungskonflikte zu entschärfen, hat der Gesetzgeber mit der Novellierung des Raumordnungsgesetzes (ROG) zum 20. Juli 2004 die Grundlage für eine Raumordnung in der AWZ geschaffen und in der Folge Vorranggebiete für Windenergie in der AWZ ausgewiesen.

Im Hinblick auf den künftigen Ausbau der Windkraftnutzung auf See enthält das am 01.01.2017 in Kraft getretene WindSeeG mit dem Flächenentwicklungsplan nunmehr das zentrale fachplanerische Steuerungsinstrument.

Der Flächenentwicklungsplan trifft fachplanerische Festlegungen für den Ausbau der Offshore-Windenergie ab 2026 bis mindestens 2030. Neben der Festlegung von Gebieten für den Ausbau wird im Flächenentwicklungsplan die zeitliche Reihenfolge, in der diese Flächen zur Ausschreibung kommen sollen, geregelt. Ein erster Plan wurde am 28.06.2019 durch das BSH veröffentlicht. Das BfN ist als Träger öffentlicher Belange (TÖB) in die Beteiligung einbezogen worden.

Der Flächenentwicklungsplan führt die bisher über den Bundesfachplan Offshore etablierte räumlich systematische Planung fort. Zusätzlich fließt auch teilweise der Offshore-Netzentwicklungsplan (O-NEP) ein (s. auch Seite des BfN zu den Zulassungsverfahren). 

Die Raumordnungspläne in der AWZ werden ebenso wie die Flächenentwicklungspläne derzeit fortgeschrieben.

Um den durch die Offshore-Windparks der Nord- und Ostsee erzeugten Strom an Land bringen zu können, müssen diese mit Seekabeln an das landseitige Stromnetz angeschlossen werden. Im Rahmen der Genehmigungsverfahren für die Netzanbindung, die eigenständige Verfahren darstellen, ist das BfN ebenso für die Durchsetzung der naturschutzfachlichen und -rechtlichen Anforderungen zuständig.  

Durch den Bau und Betrieb von OWP sind über die unmittelbare Flächenbeanspruchung hinaus, die ggf. auch gesetzlich geschützte Biotope betrifft, weitere Auswirkungen zu beachten, die das marine Ökosystem z. T. erheblich beeinträchtigen können. Neben dem Verlust von Rast- und Nahrungshabitaten bestimmter Seevögel, der Kollisionsgefahr mit und Barrierewirkungen von Anlagen für den Vogelzug sind weitreichende Störungen mariner Säugetiere (bspw. des Schweinswals) durch Hydroschallemissionen, die bei der Installation der Gründungsstrukturen entstehen, möglich.

Ziel des BfN ist es, den Ausbau der Offshore-Windkraftnutzung möglichst naturverträglich zu gestalten. Um erhebliche Beeinträchtigungen der marinen Arten und Lebensräume sowie des Vogelzugs zu vermeiden, sind nach Ansicht des BfN zur Nutzung der Offshore-Windenergie geeignete Vermeidungs- und Verminderungsmaßnahmen beim Bau von Offshore-Windparks durchzuführen. Hierzu zählen unter anderem:

• Wahl geeigneter Standorte für die Windenergieanlagen,
• Wahl möglichst geräuscharmer Gründungsvarianten (z. B. Schwergewichts- oder Bucketfundamente) oder Einsatz schallminimierender Maßnahmen bei der Rammung von Fundamenten (z. B. Blasenschleier), um die Lärmbelastung und dadurch auftretende Gehörschädigungen von marinen Säugetieren und Fischen zu vermeiden, 
• in besonders wichtigen Fortpflanzungsgebieten für Schweinswale Durchführung lärmintensiver Bauarbeiten außerhalb der sensiblen Paarungs- und Kalbungszeiten,
• Festsetzung geeigneter Minderungs- oder Vermeidungsmaßnahmen, um bspw. Seevögel vor Kollisionen mit den Rotoren und den Anlagenmasten zu schützen (z. B. Wahl einer Anlagenbeleuchtung mit möglichst geringen Anlockeffekten bzw. Abschaltung der Anlagen bei besonders intensiven Vogelzugaufkommen)

Stern- und Prachttaucher (Positionspapier zur Bewertung des Seetaucherhabitatverlustes, 2009) zeigen nach derzeitigem Kenntnisstand aufgrund der von den Anlagen ausgehenden Scheuchwirkung ein starkes Meidungsverhalten gegenüber Offshore-Windparks. Eine störungsbedingte Vertreibung stellt einen direkten Verlust von Nahrungs- und Rasthabitaten dar. Daher wurde auf der Basis der aktuellen Erkenntnisse zu Seetaucherdichten ein sogenanntes „Hauptkonzentrationsgebiet von Seetauchern“ in der dt. AWZ der Nordsee identifiziert. Damit liegt ein qualitatives Kriterium bei der Bewertung der kumulativen Auswirkungen hinsichtlich des Habitatverlusts für Seetaucher vor.

Die Methodik zur Bewertung der Erheblichkeit von Beeinträchtigungen gesetzlich geschützter Biotope in der AWZ lehnt sich eng an die inzwischen verwaltungsgerichtlich anerkannten BfN-Fachkonventionen von Lambrecht & Trautner (2007) zur FFH-Verträglichkeitsprüfung an. Da es, anders als bei der für FFH-Gebieten entwickelten Fachkonvention, für den Biotopschutz gem. § 30 BNatSchG keinen „Schutzgebietsbestand“ gibt, ist das jeweils abgrenzbare betroffene Biotop (Vorkommen) der Bezugsgegenstand für die Bewertung. Eine Beeinträchtigung kann im Einzelfall als nicht erheblich eingestuft werden, wenn Kriterien zu verschiedenen qualitativ-funktionalen, quantitativ absoluten und relativen sowie kumulativen Aspekten erfüllt sind und alle Wirkfaktoren berücksichtigt werden.

Weitergehende Hinweise zur Definition und Abgrenzung der Biotope können auch den BfN-Kartieranleitungen und Hinweisen für § 30-Biotope in der deutschen AWZ (sowie dem Interpretation Manual der Eu-Komission (2007)) entnommen werden

Schallschutzkonzept für die deutsche Nordsee und Anwendungshinweise
Rammungen von Fundamenten ohne aktiven Schallschutz sind unzulässig. Die Einhaltung der vom UBA empfohlenen und durch BSH verbindlich etablierten Lärmschutzwerte (160 dB (SEL5) und 190 dB (SPL) in 750 m Entfernung zur Schallquelle) ist jahreszeitenunabhängig zu gewährleisten, um zu verhindern, dass es zu einer Tötung oder Verletzung von marinen Säugetieren wie dem Schweinswal als einzige in deutschen Gewässern vorkommende Walart kommt. Des Weiteren enthält das Schallschutzkonzept Maßgaben für die Bewertung schallintensiver Rammarbeiten in bestimmten Bereichen zu besonders sensiblen Zeiten.