Die Bundeswasserstraßen umfassen Binnenwasserstraßen und Seewasserstraßen. Dabei ist bei den Binnenwasserstraßen zwischen Flüssen und Kanälen (z.B. Nord-Ostsee-Kanal, Mittellandkanal, Elbeseitenkanal) zu unterscheiden. Insgesamt erstrecken sich die Binnenwasserstraßen auf einer Gesamtlänge von ca. 7.300 km, wovon ca. 1.700 km Kanäle darstellen.

Herrichtung und Betrieb der Flüsse als Wasserstraße bewirken Veränderungen der Gewässerbettgestalt z. B. bei Laufbegradigung, Uferbefestigung mittels Deckwerk, Leitwerk, Buhne sowie bei Ausbaggerung oder Verfüllung von Kolken. Viele Strecken unterliegen einem Daueraufstau. Daraus ergeben sich Beeinträchtigungen der Lebensräume hinsichtlich Wasserstandsschwankungen, Fließgeschwindigkeit sowie Fließrichtung des Grundwassers und der daran gebundenen Pflanzen- und Tierwelt. Der Bau von Staustufen – insbesondere zur Stromerzeugung – führt zu erheblichen Behinderungen der ökologischen Durchgängigkeit. Dies gilt nicht allein für die Fische und die Gewässerfauna, sondern auch für den beeinträchtigten Geschiebetransport und die Folgen für die Gewässermorphologie.

Ziel des Naturschutzes an Bundeswasserstrassen ist es, dort wo es möglich ist, langfristig einen naturnahen Zustand des Gewässer-Aue-System wieder herzustellen. Intakte Flusslandschaften bieten Raum für zahlreiche Lebensraumtypen (v. a. der Weichholz und Hartholzauen) und Arten (z. B. Biber), die in den Anhängen I und II der FFH-Richtlinie aufgeführt sind. Im direkten Umfeld von Bundeswasserstraßen wurden daher viele FFH-Gebiete ausgewiesen. So sind 50 % der rezenten Flussauen in Deutschland als Natura 2000-Gebiet gemeldet.

Aus- und Neubaumaßnahmen an den Flüssen müssen ebenso wie die Unterhaltung auf ihre naturschutzfachlichen Auswirkungen geprüft und Alternativen bedacht werden. Im Vordergrund der naturschutzfachlichen Prüfung in konkreten Planungsverfahren stehen die möglichen erheblichen Beeinträchtigungen von Lebensraumtypen und Arten, die nach der EG-Flora-Fauna-Habitatrichtlinie (RL 92/43/EWG) einem strengen europarechtlichen Schutzregime unterliegen (FFH-Verträglichkeitsprüfung).

Mit dem Bundesprogramm "Blaues Band Deutschland", einer gemeinsamen Initative von Bundesumwelt- und Bundesverkehrsministerium, investiert die Bundesregierung seit 2019 verstärkt in die naturnahe Entwicklung der Bundeswasserstraßen. Das BfN ist hierbei für die Umsetzung des "Förderprogramms Auen" verantwortlich. Darüber hinaus fördert das BfN seit vielen Jahren auch in anderen Fördertiteln Projekte an Bundeswasserstraßen (z.B. die Naturschutzgroßprojekte an der Unteren Havel oder der Mittleren Elbe).