Waren bis zur Jahrtausendwende noch Anlagen mit einer Leistung im Bereich weniger Kilowatt der Standard, sind inzwischen die meisten der installierten Anlagen im Megawatt-Bereich realisiert. Mit der Leistungssteigerung der Anlagen geht eine Zunahme des Rotordurchmessers und der Gesamthöhe der Anlagen einher, so dass inzwischen Höhen bis zu 220 m erreicht werden können. Durch die fortschreitende technische Weiterentwicklung der Windenergieanlagen muss auch die Konfliktträchtigkeit für den Naturschutz stetig neu bewertet werden. Ebenso bringt der kontinuierliche Ausbau in der Fläche Auswirkungen auf Landschaften, Arten und Lebensräume mit sich. Mit diesen Auswirkungen und möglichen Empfehlungen beschäftigt sich das BfN und entwickelt methodische Vorschläge, erarbeitet Positionen und trägt über zahlreiche Forschungsvorhaben im Themenfeld „Naturschutz und erneuerbare Energien“ zu Lösungsmöglichkeiten bei.

Aus Naturschutzsicht stellen WEA an Land, vor allem unter dem Aspekt des Vogel- und Fledermausschutzes sowie bezüglich des Landschaftsbildes ein Konfliktfeld dar. Um mögliche Beeinträchtigungen frühzeitig zu vermeiden, ist die Wahl naturverträglicher Standorte wesentlich.

Die räumliche Steuerung der Windenergienutzung sollte über die sogenannte Regionalplanung erfolgen, wobei hier die einzelnen Bundesländer zuständig sind. Um der Windenergienutzung auf substanzielle Weise Raum zu verschaffen, erfolgt die Ausweisung je nach Länderregelung durch die planerischen Instrumente Vorrang-, Eignungs- und/oder Vorbehaltsgebiet. Gleichzeitig ist es auch wichtig sensible und bedeutsame Räume für den Naturschutz, von der Windenergienutzung freizuhalten. Eine frühzeitige Einbindung der betroffenen Bürgerinnen und Bürger werden ebenfalls als zielführend und konfliktvermeidend angesehen.

Soll eine Windpark genehmigt werden, müssen weitere standortbezogene Untersuchungen durchgeführt werden, die die betroffenen Arten und Biotope beschreiben, bewerten und Maßnahmen zum Schutz festlegen.

Aufgrund der Ausbauintensität der Windenergie in den letzten Jahrzehnten bestehen teilweise kontroverse Diskussionen. Dabei ist ein Motiv für mangelnde Akzeptanz häufig die weitreichende Wahrnehmbarkeit der Windenergieanlage in der Landschaft.