Vor Ablauf des aktuellen Forschungsprogramms werden Aktualitätsgrad und Relevanz der Forschungsfelder und -schwerpunkte grundlegend überprüft und für die Folgejahre fortgeschrieben. Bedarfsorientierte Anpassungen am aktuellen Programm finden anlassbezogen statt.

Naturschutz ist in Deutschland eine staatliche Aufgabe mit Verfassungsrang. Im Bundesnaturschutzgesetz (BNatSchG) ist festgelegt, dass Natur und Landschaft "auf Grund ihres eigenen Wertes und als Grundlage für Leben und Gesundheit des Menschen" geschützt werden müssen. Der "Schutz" umfasst dabei nach § 1 Abs. 1 BNatSchG auch die Dimension der Pflege, der Entwicklung sowie soweit erforderlich der Wiederherstellung von Natur und Landschaft und schließt damit gleichermaßen bewahrende, aktiv-gestaltende und dynamische Aspekte mit ein. Ausgehend von diesem Grundsatz orientiert sich das BfN an einem modernen Verständnis von Naturschutz, der auf wissenschaftlicher Basis ökologische, ökonomische, soziale und ethische Aspekte verbindet. Im BfN werden vor allem Querschnittsthemen bearbeitet, bei denen ökologisch-naturwissenschaftliche Fragestellungen zusammen mit sozialen und gesellschaftlichen Aspekten untersucht werden.