Im Hohen Ammergebirge dominiert die Gesteinsform des Hauptdolomit. Charakteristisch sind regelmäßige Bergpyramiden wie z.B. der Kreutzspitz (2185 m ü. NN) und der Kuchelspitz (2020 m ü. NN). Die unteren Bereiche sind hauptsächlich bewaldet, in den oberen Regionen schließen sich Latschenfelder und beweidete Rasen an. Es dominieren Bergwälder mit naturnaher Baumartenzusammensetzung (Fichte, Buche, Tanne und Kiefer) und auch Schneeheide-Kiefernwälder treten noch großflächig auf. Die Landschaft schließt einige sehr schwer zugängliche Gebiete ein, die nur wenig erschlossen sind. Die höheren, waldfreien Lagen des Gebietes werden zum großen Teil mit Schafen und Rindern beweidet. Von hoher naturschutzfachlicher Bedeutung ist die enge Verzahnung der Bergwälder mit Schneeheide-Kiefernwäldern, Latschenfeldern und Schotterkaren. Im Hohen Ammergebirge gibt es drei Naturwaldreservate, wobei sich das großflächigste im Kuchelbachtal befindet. Es finden sich Hasel- Birkhuhn und große Auerhuhnvorkommen sowie Weißrückenspecht und sogar Schneehühner. Auf den primären Rasen (Polsterseggen-, Horstseggen- und Rostseggenrasen) und auf den Fels- und Schuttfluren findet sich eine Vielzahl äußerst seltener Pflanzenarten. Die Landschaft nimmt wegen ihres Waldbestandes und den Vorkommen überregional bis landesweit bedeutender Pflanzen- und Tierarten eine herausragender Stellung aus Sicht des Arten- und Biotopschutzes ein. Die Schneeheide-Kiefernwälder haben auch eine wichtige Funktion als Trockenverbundachse zwischen Alpen und Alpenvorland. Die Landschaft wird durch das Naturschutzgebiet Ammergebirge fast vollständig geschützt.