Auenökosysteme sind durch die Schaffung geeigneter ökologischer Rahmenbedingungen in hohem Maße regenerierbar. Hierfür sind jedoch große Zeiträume einzukalkulieren und die Flussdynamik ist dabei ein entscheidender Faktor. Seit Beginn der 1980er Jahre werden verstärkt Anstrengungen unternommen, Gewässer und Auen wieder in einen naturnahen Zustand zu versetzen. Dabei handelt es sich überwiegend um Pilot- und Einzelprojekte; deren wissenschaftliche Begleitung in der Regel nur über einige wenige Jahre hinweg erfolgt.

Eine explarische wissenschaftliche Begleituntersuchung von vier ehemaligen Pilotvorhaben zur Auenrenaturierung ungefähr 20 Jahre nach Projektende (BfN-Schriften 588) zieht eine positive Bilanz im Hinblick auf den Wert renaturierter Gebiete  als  naturnahe Inseln in der intensiv genutzten Kulturlandschaft. Das Ziel einer größeren Auendynamik – die Grundvoraussetzung  für eine  Wiederansiedlung  von auentypischen Arten – ließ sich aber nur auf wenigen Teilflächen erreichen. Die Ergebnisse dieser Erfolgskontrolle bestätigen die Notwendigkeit einer Wiederherstellung der funktionalen Einheit von Aue und Fließgewässer.

Vor dem Hintergrund zahlreicher umgesetzter und geplanter Renaturierungsmaßnahmen an Fließgewässern und deren Auen steigt der Bedarf an einer standardisierten Bewertung und Erfolgskontrolle, die die "biologische Wirksamkeit" von Renaturierungen im Hinblick auf unterschiedliche Zielvorstellungen messbar und sichtbar machen. Im Rahmen eines vom BfN vergebenen Forschungsvorhabens wurde ein einfach anwendbares, standardisiertes Verfahren entwickelt, mit dem Akteure den Erfolg von Renaturierungsmaßnahmen für Flora und Fauna an Ufern und in Auen nachvollziehbar bewerten können (BfN-Schriften 655).

Verbesserungen der ökologischen Situation von Flussauen, hängen wesentlich von einer effizienten Nutzung vorhandener Möglichkeiten zur Entwicklung und Verbesserung ab. Eine Studie des BfN zeigt, dass die Potenziale zur naturnahen Auenentwicklung (BfN-Schriften 489) regional unterschiedlich, in der Gesamtheit aber umfangreich sind und bislang nur bedingt ausgeschöpft werden. Bundesweit könnten demnach rund 850 Altauenflächen wieder an das Überflutungsgeschehen angeschlossen werden. Dies entspricht etwa einem Fünftel der ursprünglichen Überflutungsflächen bzw. einer Vergrößerung der rezenten Auen um 40 %. Das Potenzial ist also bei weitem noch nicht ausgeschöpft.

Im Rahmen einer bundesweiten Erhebung wurden Auenrenaturierungsprojekte an Flüssen in Deutschland erfasst, die zwischen 1981 und 2025 umgesetzt wurden. Während die Anzahl der Vorhaben in den 1990er Jahren noch vergleichsweise gering war, wurden ab dem Jahr 2000 zunehmend Renaturierungsprojekte verwirklicht. In zahlreichen Projekten wurden durch Rückverlegung von Deichen Auenflächen wieder an das Überflutungsgeschehen angebunden. Eine bundesweite Übersichtskarte zeigt die Lage von Auenrenaturierungsprojekten und Deichrückverlegungen an Flüssen, die erfasst und anhand der Kriterien „Gewässergröße“, „Maßnahmenumfang“ sowie „Zugewinn an natürlicher Dynamik“ ausgewählt wurden. Die ausgewählten Projekte besitzen einen für die bundesweite Betrachtung relevanten Maßnahmenumfang. Eine zusätzliche Liste der Auenrenaturierungsprojekte bietet über Hyperlinks die Möglichkeit, jeweils weitere Projektinformationen abzurufen.

Die Erfassung von Auenprojekten an Flüssen wird künftig fortgeführt. Hinweise zu neuen Auenrenaturierungsprojekten können gerne an den u.g. Kontakt im BfN gemeldet werden.

Ein wichtiges Ziel von Gewässer- und Auenrenaturierungen ist es, naturnahe Zustände mit ihrer typischen Dynamik wiederherzustellen. Die Umsetzung entsprechender Maßnahmen in Natura 2000 Gebieten wirft regelmäßig Fragen der naturschutzfachlichen und -rechtlichen Zulässigkeit von Veränderungen auf. Um Entscheidungen im Zuge wasserwirtschaftlicher und naturschutzfachlicher Abwägungsprozesse im Verwaltungshandeln zu erleichtern und rechtssicher durchzuführen, wurden Herausforderungen, Hemmnisse und Lösungsmöglichkeiten bei der Umsetzung von Gewässer- und Auenrenaturierungen in Natura 2000-Gebieten in einem Forschungs- und Entwicklungsvorhaben ermittelt und als Praxisleitfaden veröffentlicht.