Im Wiederherstellungsplan werden unter anderem die Flächen quantifiziert, die wiederhergestellt werden müssen. Deren potenzielle Lage soll auf indikativen Karten dargestellt werden. Darüber hinaus muss der Plan die Maßnahmen erläutern, mit denen die Wiederherstellungsziele und -verpflichtungen erreicht werden sollen. Dies wird ergänzt durch einen Zeitplan für die Durchführung der Maßnahmen. Diese Maßnahmen müssen anhand ihrer Klimawirksamkeit und ihrer Klimaanpassungsleistung, unter Berücksichtigung ihrer sozio-ökonomischen Auswirkungen, priorisiert werden. Zudem soll ein Konzept erarbeitet werden, wie die Flächen, die Wiederherstellungsmaßnahmen unterliegen, überwacht werden und wie die Wirksamkeit der Maßnahmen bewertet werden kann. 

Falls ein Mitgliedsstaat eine der Ausnahmeregelungen der Verordnung in Anspruch nehmen möchte, muss dies im Wiederherstellungsplan erläutert und ausreichend begründet werden. Auch Informationen zur Finanzierung für die Umsetzung der Wiederherstellungsverordnung müssen enthalten sein.

Bei der Umsetzung der Verordnung sollen möglichst viele Synergien mit bereits bestehenden Richtlinien und Verordnungen entstehen. Besonders die FFH- und Vogelschutzrichtlinien Richtlinie (2009/147/EG, 92/43/EWG), die Wasserrahmenrichtlinie (2000/60/EG), die Meeresstrategierahmenrichtlinie (2008/56/EG) und die Gemeinsame Fischereipolitik sollen berücksichtigt werden. Bei der Ausarbeitung der Maßnahmen für land- und forstwirtschaftlich genutzte Flächen sollen bereits bestehende Praktiken sowie Synergien zwischen der Wiederherstellungsverordnung und der Gemeinsamen Agrarpolitik identifiziert und genutzt werden. Insgesamt soll Wert daraufgelegt werden, die Maßnahmen in bereits bestehende Strukturen einzugliedern und diese mit den übrigen Prozessen des europäischen Grünen Deals, wie dem Ausbau der Erneuerbaren Energien, zu verzahnen. Zudem können Synergien mit bestehenden Aktions- und Förderprogrammen wie dem Aktionsprogramm Natürlicher Klimaschutz (ANK) der Bundesregierung zur Durchführung der Verordnung in Deutschland genutzt werden.

Der Wiederherstellungsplan muss in einem offenen, transparenten, inklusiven und wirksamen Verfahren erarbeitet werden. Die Öffentlichkeit und Stakeholder sollen die Möglichkeit erhalten, sich frühzeitig an der Ausarbeitung des Wiederherstellungsplans zu beteiligen. 

Der Wiederherstellungsplan muss zwei Jahre nach Inkrafttreten der Verordnung an die Kommission übermittelt werden. Diese prüft und kommentiert den ersten Entwurf des Plans innerhalb von 6 Monaten. Daraufhin haben die Mitgliedstaaten weitere 6 Monate Zeit, um den Plan zu finalisieren. Somit muss drei Jahre nach Inkrafttreten der finale Wiederherstellungsplan übermittelt werden.