Unsere Landschaft verändert sich fortwährend. Die Einflussfaktoren sind vielfältig. Wesentlich sind der Siedlungsdruck, Infrastrukturentwicklungen, Industrialisierung, Land- und Forstwirtschaftliche Nutzungen und der Klimawandel. Allein in den Jahren 2021-2024 lag die Zunahme der Verkehrs- und Siedlungsflächen in Deutschland bei 50 ha pro Tag (Destatis, Zahl der Woche, Stand 01/2026). Gerade in der Gesamtlandschaft laufen viele Prozesse ab, die die Struktur, die Funktionen und die innewohnende Diversität der Ökosysteme beeinflussen.  Mit dem Ökosystem-Monitoring werden die Veränderung und der Zustand der Gesamtlandschaft langfristig dokumentiert und bewertet. 

In den Bundesländern existieren bereits Biotoptypenkartierungen, welche die Veränderungen auf Länderebene dokumentieren. Sie sind in Umfang und Frequenz aber so heterogen, dass sich keine bundesweiten Aussagen ableiten lassen. Das Ökosystem-Monitoring wurde auf Grundlage der Naturschutzoffensive 2020 des Bundesumweltministeriums entwickelt. Diese wies auf die prekäre Situation der Biodiversität hin und legte ein Handlungsprogramm für eine Trendwende vor, in dem eines der zentralen Ziele die Einführung eines umfassendes Biodiversitätsmonitoring in Deutschland war. Unterstützt durch Forschungsvorhaben wurde eine bundesweit einheitlich verwendbare Methode zur Erfassung von Biotoptypen auf den bundesweit repräsentativen Stichprobenflächen entwickelt, ein umfassender Kartierschlüssel ausgearbeitet und in der Standortregion „Kontinentales Tiefland“ im Nordosten Deutschlands erprobt (ÖSM-I, ÖSM-II). Durch die Gründung des Nationalen Monitoringzentrums zur Biodiversität wurde die Möglichkeit geschaffen, dass der Bund die Umsetzung neuer bundesweiter Monitoringprogramme durch die Länder mit bis zu 50 % kofinanziert. Das Ökosystem-Monitoring ist eines der ersten Programme, für die eine entsprechende Verwaltungsvereinbarung zwischen Bund und Ländern geschlossen wurde. 

Im Jahr 2026 haben die ersten Länder mit der Umsetzung des Ökosystem-Monitorings begonnen. 

Das Ökosystem-Monitoring beinhaltet die wiederholte, systematische und flächendeckende Erfassung und Bewertung von Biotoptypen. Es liefert quantitative Informationen zur Häufigkeit und Verteilung sowie qualitative Informationen zu Zustand und Veränderungen von Biotoptypen in der Landschaft. Für die Charakterisierung und Bewertung des Zustands der erfassten Biotoptypen werden biotopspezifische Merkmale wie z. B. Gesamtartenlisten und deren Deckungsgrade oder Verbuschungsgrade erfasst. Räumliche Kulisse der Erfassung sind die bundesweit repräsentativen Stichprobenflächen (SPF), auf denen auch weitere bundesweite Monitoringprogramme, wie das Monitoring der Landwirtschaftsflächen mit hohem Naturwert (HNV-Farmland Monitoring), das Monitoring häufiger Brutvögel und Teile des Bundesweiten Insektenmonitorings durchgeführt werden. Die SPF sind eine doppelt geschichtete  Zufallsstichprobe mit 1 km² großen Probeflächen, die so über Deutschland verteilt ist, dass mit den darauf erhobenen Daten auf die Verteilung der gemessenen Parameter im gesamten Betrachtungsraum geschlossen werden kann (Benzler et al., 2026). Für das Ökosystem-Monitoring erfolgt auf den 1km² großen SPF eine flächendeckende Kartierung aller vorkommender Biotoptypen (bis auf Meeres- und Wattflächen sowie Flächenanteile im Ausland). Die Biotoptypen und deren Merkmale werden auf Grundlage der erarbeiteten, fortlaufend weiterentwickelten und für die Bundesländer einheitlichen Kartieranleitung aufgenommen. Die Nomenklatur wurde auf Basis der Rote-Liste-Biotoptypen nach Finck et al. (2017) beschrieben. Um die Vergleichbarkeit von Erfassungen nach der Kartieranleitung des Ökosystem-Monitorings mit den Erhebungen nach Länder-Biotoptypen-Schlüssel sicherzustellen, wurden länderspezifische Übersetzer entwickelt, die eine Zuordnung der  Biotoptypen des Ökosystem-Monitorings zu den Länder-Biotoptypen ermöglicht. Das Ökosystem-Monitoring wurde so konzipiert, dass das seit 2009 bestehende HNV-Farmland-Monitoring integriert werden kann. So ist die Bereitstellung der nötigen Daten für die Berechnung des HNV-Indikators auch bei der Durchführung des Ökosystem-Monitorings gesichert.