Zuständige Behörden
Dies gilt nach Art. 83 GG selbst dann, wenn Gesetze des Bundes wie das Bundesnaturschutzgesetz vollzogen werden. Dies basiert nicht zuletzt auf praktischen Erwägungen, denn die Landesbehörden können die besonderen Umstände vor Ort am besten einschätzen. Das Bundesamt für Naturschutz (BfN) selbst kann demgegenüber lediglich in wenigen Ausnahmefällen Gesetze vollziehen und ist keine den Landesbehörden vorgesetzte Behörde.
Ansprechpartner bei praktischen Fragen der Anwendung des Naturschutzrechts sind daher in der Regel die unteren Naturschutzbehörden (zumeist bei den Landkreisen oder kreisfreien Städten). Bei landesweit bedeutsamen oder grundsätzlichen Fragen stehen auch die obersten Naturschutzbehörden der Länder (Ministerien) für Rückfragen zur Verfügung. Umweltstraftaten können bei allen Polizeidienststellen, der Staatsanwaltschaft und den Amtsgerichten zur Anzeige gebracht werden.
Vollzugszuständigkeiten des BfN bestehen insbesondere hinsichtlich der Ein- und Ausfuhr von Arten und für den gesamten Meeresnaturschutz in der sog. "ausschließlichen Wirtschaftszone" jenseits der deutschen Hoheitsgewässer und auf hoher See.
Darüber hinaus wirkt das BfN in verschiedenen Verwaltungsverfahren anderer Behörden mit, etwa bei der Anerkennung von Naturschutzvereinigungen sowie in gentechnikrechtlichen Zulassungsverfahren. Zudem ist das BfN zuständig für die Umsetzung des Nagoya-Protokolls über den Zugang zu genetischen Ressourcen und die ausgewogene und gerechte Aufteilung der sich aus ihrer Nutzung ergebenden Vorteile.