Für die Natura 2000 Schutzgebiete in der deutschen ausschließlichen Wirtschaftszone (AWZ) von Nord- und Ostsee wurden 2009/2010 allgemeine und spezifische Erhaltungsziele gemäß FFH-Richtlinie veröffentlicht. Diese sehen insbesondere die Bewahrung und die Wiederherstellung eines "günstigen Erhaltungszustands der natürlichen Lebensräume und wildlebenden Tier- und Pflanzenarten von gemeinschaftlichem Interesse" (FFH-RL) vor. In § 3 der Schutzgebietsverordnungen wird die Umsetzung dieser Erhaltungsziele als Schutzzweck des jeweiligen Gebietes festgelegt.

Die dazu erforderlichen Maßnahmen umfassen geeignete, eigens für die Gebiete aufgestellte oder in andere Entwicklungspläne integrierte Bewirtschaftungspläne (= auch Managementpläne genannt). Die Aufstellung eines schutzgebietspezifischen Managementplans ist in jeder Schutzgebietsverordnung festgelegt (unter anderem § 7 NSGBRgV) und sieht geeignete Maßnahmen rechtlicher, administrativer oder vertraglicher Art vor (Art. 6 Abs. 1 FFH-Richtlinie). Das sind beispielsweise Maßnahmen, die negative Auswirkungen menschlicher Nutzungen reduzieren sollen, die bereits ursächlich für Defizite und Gefährdungen der Schutzgüter im Naturschutzgebiet erkennbar sind oder diese verursachen  könnten. In der AWZ müssen dabei auch internationale und europäische Vorgaben  bei der Regulierung bestimmter Nutzungen berücksichtigt werden. Das gilt beispielsweise für Fischereimaßnahmen oder Maßnahmen im Bereich der Schifffahrt. Die Maßnahmenprogramme umfassen daher auch die Kooperation und die Kommunikation mit verantwortlichen Gremien und Interessengruppen.

Grundsätzlich gilt: wer für den Schutz von Gebieten zuständig ist, hat auch Management- und Monitoringpflichten, ohne die eine wirksame Schutzgebietsverwaltung und -kontrolle nicht möglich wären.

Das Monitoring – also die langfristige und systematische Beobachtung von Arten und Lebensräumen – wird bereits seit vielen Jahren auch in den marinen Natura 2000 Gebieten durchgeführt. Durch ein gutes Meeresmonitoring-Programm lassen sich negative, aber ebenso positive Entwicklungen der marinen biologischen Vielfalt erkennen. Vielfach können anhand dieser Daten spezifische Auswirkungen menschlicher Aktivitäten auf besonders schützenswerte Arten bzw. Lebensräume und ihren Erhaltungszustand identifiziert werden. Managementmaßnahmen können mit Hilfe dieser Ergebnisse veranlasst, überprüft und ggf. angepasst werden. Die Bewertung des Erfolgs von Schutzmaßnahmen und/oder Programmen zur nachhaltigen Nutzung ist ohne systematisches Monitoring nicht möglich. Monitoring bildet daher die Basis für ein erfolgreiches Management.