Militärmanöver in der Nord- und Ostsee finden in der Luft (zum Beispiel Tiefflugübungen), auf dem Wasser (zum Beispiel Schießübungen) und Unterwasser (zum Beispiel U-Boot-Manöver) statt. Es entstehen zunächst einmal Belastungen durch den Schiffsverkehr. Dazu kommt noch die Lärmbelastung durch Kampfflugzeuge, Übungsschüsse, Explosionen (teilweise Pegel von über 250 dB) und kumulative Effekte bei größeren Schiffsformationen. Gerade Übungen in der Nähe von Schutzgebieten können starke Auswirkungen auf die dort ansässigen Tiere haben.

Starker Schiffsverkehr und der Lärm über Wasser durch Schießübungen können auch Schreck- und Scheucheffekte auf rastende oder mausernde Seevögel zur Folge haben.

Unterwasserlärm, der zum Beispiel auch von hocheffektiven militärischen Aktivsonaren (insbesondere Low-Frequency-Sonare) zur Detektion von U-Booten erzeugt wird, kann insbesondere auf Meeressäugetiere wie Schweinswale und Robben gravierende bis tödliche Auswirkungen haben. Die Low-Frequency-Sonare (LFS) produzieren Unterwasserschallimpulse mit Pegeln von 235 dB im mittleren und niederfrequenten Bereich, welche beide auch von Walen und Delfinen genutzt werden. Gerade die niederfrequenten Schallwellen können sich über mehrere Tausend Kilometer ausbreiten, was den Störungsradius von Sonarsystemen erheblich vergrößert. Aber auch die Kommunikationssysteme senden Unterwasser-Schallwellen mit Pegeln von 180-200 dB aus.

Die Folgen insbesondere der Sonareinwirkung auf Meeressäuger reichen von Habitatverlust durch Scheuchwirkung bis hin zum Tod der Tiere. Zu den Auswirkungen von Unterwasserschall siehe hier.

Doch nicht nur die Aktivitäten des Militärs können Auswirkungen auf die Meeresumwelt haben. Längst vergessene Kampfmittel liegen noch immer unberührt auf dem Grund von Nord- und Ostsee. Aktuelle Zahlen gehen von schätzungsweise 1,6 Millionen Tonnen Munition aus. Detonationen bei Berührungen und die Freisetzung von Schadstoffen sind hierbei für die Meeresumwelt die Hauptprobleme.