Zentrales Element der Verordnung ist eine Liste der invasiven gebietsfremden Arten von unionsweiter Bedeutung (Unionsliste), die gemäß Art. 4 der Verordnung im Wege von Durchführungsrechtsakten erstellt wird. Für alle Arten der Unionsliste gelten weitreichende Verbote bzgl. Besitz, Handel, Zucht, Transport und Freisetzung.

Grundsätzlich gelten für die in der Unionsliste aufgeführten invasiven gebietsfremden Arten umfassende Verbote. Für die Durchführung von Forschung und Ex-situ-Erhaltung oder um Fortschritte für die menschliche Gesundheit zu erzielen, können jedoch Ausnahmen genehmigt werden. Entsprechend erteilte Genehmigungen sind im Internet unverzüglich zu veröffentlichen.

Neben der vorsätzlichen Einbringung und Ausbreitung gelangen die invasiven Arten der Unionsliste oft auch nicht vorsätzlich in neue Gebiete, was über entsprechende Maßnahmen an den verantwortlichen wichtigsten Pfaden im Rahmen eines so genannten Aktionsplans verringert werden soll.

Die Arten der Unionsliste, die sich in Deutschland erst „in einer frühen Phase der Invasion“ befinden, unterliegen der Früherkennung mit einer Verpflichtung zur sofortigen Beseitigung.

Innerhalb von 18 Monaten nach der Aufnahme einer invasiven gebietsfremden Art in die Unionsliste verfügen die Mitgliedstaaten über wirksame Managementmaßnahmen für diejenigen invasiven gebietsfremden Arten von unionsweiter Bedeutung, die nach Feststellung der Mitgliedstaaten in ihrem Hoheitsgebiet weit verbreitet sind. Durch die Maßnahmen sollen deren Auswirkungen auf die Biodiversität und die damit verbundenen Ökosystemdienstleistungen sowie gegebenenfalls auf die menschliche Gesundheit oder die Wirtschaft minimiert werden.