Zu den wesentlichen Wirkfaktoren, die bau-, anlage- oder betriebsbedingt im Rahmen von Bahnprojekten auftreten können, zählen Überbauung und Verlust von Biotopstrukturen, Zerschneidungseffekte, akustische Reize (Lärm), künstliche Beleuchtung sowie Individuenverluste durch Stromschlag, Leitungs- oder Zugkollision. Einen Überblick zur Relevanz der verschiedenen Wirkfaktoren, die bei Bauvorhaben der Bahn auftreten können, geben die Projektsteckbriefe im Fachinformationssystem FFH-VP-Info, wobei zwischen verschiedenen Projekttypen, wie Neu- und Ausbau oder Unterhaltung unterschieden wird. Informationen zu den im Planrechtsverfahren zu berücksichtigen Umweltbelangen (z. B. zu UVP, Eingriffsregelung, Artenschutzprüfung oder FFH-VP) werden in den Leitfäden des Eisenbahn-Bundesamtes (kurz: EBA Leitfäden) themenbezogen abgehandelt.

Vorhaben an Bahnstrecken, welche durch das Eisenbahn-Bundesamt (EBA) genehmigt werden, fallen in den Anwendungsbereich der Bundeskompensationsverordnung (BKompV). Um die Anwendung der BKompV in der Praxis zu erleichtern, wird derzeit der "Leitfaden zum Vollzug der Bundeskompensationsverordnung bei Eisenbahnprojekten“ (BKompV-Leitfaden Bahn) erarbeitet. Dieser Leitfaden soll als Auslegungs- und Anwendungshilfe Vollzugs- und Genehmigungsbehörden, Vorhabenträger, Behörden der Länder und Planungsbüros unterstützen. Sobald der Leitfaden vorliegt, wird er an dieser Stelle veröffentlicht.

Die Elektrifizierung von Eisenbahnstrecken erhöht deren Leistungsfähigkeit erheblich und bildet für wichtige Teile des Schienenverkehrs die Voraussetzung zur weiteren Verbesserung der Klimabilanz. Oberleitungsanlagen der Eisenbahnen können jedoch für Vögel eine potenzielle Gefahrenquelle darstellen. Zum einen besteht die Gefahr des Stromschlags, welcher durch die Überbrückung von Bauteilen unterschiedlichen elektrischen Potentials ausgelöst wird und zu erheblichen Verletzungen oder zum Tod des Vogels führen kann. Zum anderen besteht die Gefahr der Leitungskollision, da Vögel im Flug Leitungen und Drähte schlecht als Hindernisse wahrnehmen können.
Im Juli 2025 wurde die erste Allgemeine Verwaltungsvorschrift zur Durchführung des Bundesnaturschutzgesetzes zum Vogelschutz bei Elektrifizierung der Schieneninfrastruktur (VogelschutzSchieneVwV) erlassen. Diese hat zum Ziel, die artenschutzrechtliche Prüfung für die Ausstattung einer bestehenden Eisenbahnstrecke mit einer Oberleitung (Elektrifizierung), einschließlich deren Erneuerung, in Bezug auf Stromschlag und Leitungsanflug von Vögeln fachgerecht zu standardisieren. Auf diese Weise können Genehmigungsverfahren vereinfacht und beschleunigt werden, ohne den Schutzumfang der betroffenen Arten abzusenken. Die Verwaltungsvorschrift wird durch eine Anwendungshilfe begleitet, welche die Inhalte untersetzt und als Auslegungshilfe genutzt werden kann.

Bahntrassen stellen für einige Arten Barrieren dar, während sie für andere als ökologische Korridore fungieren. Im nachfolgenden Forschungs- und Entwicklungsvorhaben wurde das Barriere– und Wiedervernetzungspotenzial durch Bahnstrecken und Bahnverkehr untersucht. Im Ergebnis zeigt sich, welche Charakteristika von Bahntrassen als barrierewirksam eingestuft werden können. Ergänzt werden die Untersuchungen mit Steckbriefen zu prioritären Konfliktabschnitten in den Lebensraumnetzen.