Die Schutzgebiete in Deutschland werden in den kommenden Jahrzehnten durch den Klimawandel erheblichen Veränderungen unterworfen sein. 

Dabei können

• langsam sich entwickelnde Arten bzw. Ökosysteme 
• Arten mit niedrigen Wärme- und hohen Feuchteansprüchen und
• ausbreitungsbegrenzte, d. h. nur zu langsamen Wanderungen fähige Arten

als besonders sensitiv gegenüber Klimawandel gelten. Dies betrifft z. B. magere Feuchtwiesen, Großseggenriede, Quellfluren, Feuchtwälder, Moore und montane Felsfluren.

Diesen sich wandelnden klimatischen Veränderungen kann durch bestimmte Naturschutzstrategien begegnet werden (z. B. in Bezug auf das landschaftliche Design/durch die landschaftliche Steuerung von geschützten Flächen und Biotopverbünden).

Viele Natura 2000-Gebiete haben eine hohe Bedeutung für den Klimaschutz, da sie natürliche Moor-, Auen- und Waldökosysteme beinhalten. In diesen Gebieten sind Anstrengungen zu unternehmen, um den Wasserhaushalt weiter zu optimieren oder wiederherzustellen. Damit wird die Funktion dieser Ökosysteme als Kohlenstoffspeicher einerseits und auch zur Minderung der Folgen des Klimawandels für den Menschen andererseits verstärkt. Ein wesentliches Instrument zur Steuerung angepasster Optimierungs- und Vermeidungsmaßnahmen vor dem Hintergrund des Klimawandels sind die Managementpläne der Natura 2000-Gebiete.

Um die künftigen Rahmenbedingungen für Schutzgebiete zu beleuchten, den Wissensstand bezüglich der Auswirkungen auf die biologische Vielfalt darzustellen und die möglichen Auswirkungen auf die Schutzgüter der FFH- und der Vogelschutzrichtlinie zu diskutieren, hat das BfN im August 2006 die Tagung "Natura 2000 und Klimaänderungen" durchgeführt. Die Referate und Ergebnisse sind als Tagungsband in der Schriftenreihe "Naturschutz und Biologische Vielfalt" (NaBiV 46) veröffentlicht. Weiter vertieft wurde diese Thematik auf der internationalen BfN-Tagung "Natura 2000 and Climate Change - a Challenge" im Mai 2010, deren Ergebnisse in Naturschutz und Biologische Vielfalt dokumentiert sind (NaBiV 118).

Vom BfN wurden zahlreiche Forschungsprojekte zum Thema "Biodiversität und Klimawandel" initiiert und finanziert. Zwei dieser Vorhaben haben sich speziell mit den Auswirkungen des Klimawandels auf Natura 2000 beschäftigt.

F+E "Schutzgebiete Deutschlands im Klimawandel - Risiken und Handlungsoptionen"  

Projektziele: Untersuchung einer umfassenden und repräsentativen Anzahl deutscher Schutzgebiete hinsichtlich der durch den Klimawandel bedingten Risiken im Sinne der jeweiligen Schutzzwecke; Entwicklung von Handlungsoptionen für die erforderliche Anpassung 

Die Ergebnisse des Projekts sind in einem Abschlussbericht dokumentiert, der in der BfN-Schriftenreihe  Naturschutz und Biologische Vielfalt veröffentlicht wurde (NaBiV 129). 

F+E "Auswirkungen des Klimawandels auf Fauna, Flora und Lebensräume sowie Anpassungsstrategien des Naturschutzes" 

Projektziele: Aufarbeitung vorliegender Daten und Erkenntnisse zu den Auswirkungen des Klimawandels auf Arten und Lebensräume mit einem besonderen Fokus auf das Schutzgebietsnetz Natura 2000; Untersuchung biologischer Interaktionen; Entwicklung von Szenarien; Ableitung konkreter Anpassungsstrategien für den Naturschutz 

Die Ergebnisse des Projekts sind in der BfN-Schriftenreihe Naturschutz und Biologische Vielfalt veröffentlicht (NaBiV 137).