Für Pflanzen mit verändertem Umweltverhalten besteht die Möglichkeit, dass sie sich durch eine höhere Fitness leichter verbreiten und andere Arten verdrängen. Es könnten auch gezielt Areale für die Landwirtschaft neu erschlossen werden, die bisher hierfür nicht zugänglich waren, und damit regionale an extreme Wetterbedingungen angepasste Ökosysteme geschädigt werden. Ein weiteres Beispiel ist die Schädigung von Insekten und anderen Tieren durch Wirkstoffe, die von insektizid wirkenden GV-Pflanzen produziert werden. Solche Substanzen werden v. a. durch neu eingefügte artfremde Gene exprimiert (Transgenese), eine Übertragung aus verwandten Pflanzen ist aber nicht grundsätzlich auszuschließen (Cisgenese). Auch mit NGT werden wie bei klassischen GVO Herbizid-Resistenzen vermittelt. Die „farm scale evaluations“ in Großbritannien haben bereits 2003 gezeigt, dass der Anbau herbizidresistenter Pflanzen negative Auswirkungen auf die Diversität von Ackerwildkräutern und Arthropoden hat. Eine Studie aus dem Jahr 2020 kommt zu dem Schluss, dass die Verwendung von Pestiziden beim Anbau pestizidresistenter Pflanzen nicht weniger geworden ist. Im Gegenteil werden häufig mehr Pestizide eingesetzt. Für NGT-basierte Pflanzen fehlt oft die Erfahrung, um tatsächliche Auswirkungen einschätzen zu können. Diese können auch indirekt sein, z. B. durch eine weitere Intensivierung der Anbausysteme, oder fallspezifisch je nach Pflanzensorte variieren. Es kann auch nicht ausgeschlossen werden, dass solche Pflanzen mit entsprechenden Folgen für die Umwelt mehr Dünger, Pestizide oder Wasser benötigen.