Das Bundesamt für Naturschutz (BfN) hat in Abstimmung mit dem Bundesumweltministerium (BMUV) eine Liste von Arten erarbeitet, die vom Ausbau der erneuerbaren Energien besonders betroffen sind und daher vorrangig im nAHP gefördert werden können. Hierzu gehören auch die so genannten kollisionsgefährdeten Brutvogelarten, für die nach Anlage 1 (zu § 45b Absatz 1 bis 5) Bundesnaturschutzgesetz bestimmte Bereiche zur Prüfung im Rahmen von Genehmigungsverfahren für Windenergieanlagen vorgegeben sind.

Im nAHP sollen auch so genannte „Arten-Aktionspläne“ (AAP) erarbeitet werden. Sie fassen naturschutzrelevantes Wissen  über Arten zusammen und halten Ziele sowie konkrete und wiederkehrende Maßnahmen zum Schutz von Arten fest und unterstützen und steuern so deren Umsetzung.