Für die Finanzierung von Fördervorhaben im Rahmen des nAHP sind jährlich entsprechende Haushaltsmittel im Haushalt des BMUKN vorgesehen. Hinzu kommen gesetzlich geregelte Sonderzahlungen. Diese sind durch Vorhabenträger zu leisten, sofern sie Verfahrenserleichterungen im Rahmen von Genehmigungsverfahren für Windenergieanlagen an Land oder auf See oder Netzausbauprojekte in Anspruch nehmen. Die in das nAHP einfließenden Sonderabgaben sind zweckgebunden zu verwenden.
BMUKN bereitet derzeit eine Ergänzung der geltenden Förderrichtlinie vor, die die Verausgabung der Sonderabgaben regelt.

Im Rahmen des Nationalen Artenhilfsprogramms (nAHP) können verschiedene Vorhabentypen gefördert werden. Schwerpunkt der Projektförderung im nAHP sind Umsetzungsvorhaben. Darüber hinaus sind Machbarkeitsstudien und Modellvorhaben sowie wissenschaftliche Begleitforschung zuwendungsfähig. Die Förderung von Forschungs- und Entwicklungsvorhaben ist im Rahmen des nAHP nicht möglich. Verbundvorhaben mit mehreren Projektpartner*innen sind grundsätzlich möglich.