Das untere Isartal erstreckt sich zwischen Freising (443 m ü. NN) und der Mündung der Isar in die Donau bei Deggendorf (310 m ü. NN). Das 4 bis 5 km breite Kastental mit einem Talboden aus pleistozänen und holozänen Schottern hat sich in den zur Mündung hin zunehmend mit Löss bedeckten Untergrund, der aus den Ablagerungen der Oberen Süßwassermolasse gebildet wird, eingetieft. Die stark schotterführende Isar wird zu beiden Seiten von einem Streifen alluvialer Aufschüttungen begleitet, die aus einem Muster sichelförmiger Rinnen und Aufhöhungen des ehemaligen Wildflusses bestehen. Diese liegen zumeist höher als die sich dahinter anschließende Niederterrassenebene mit dem 1,5 bis 2,5 m breiten, kalkreichen Niedermoorstreifen, der große Teile des nördlichen Talbodens einnimmt. Die Aue wird von einem mehr oder weniger geschlossenen Auwaldstreifen begleitet, größere allerdings vereinzelte Grünlandbereiche befinden sich über den Vermoorungen. Ausgeräumte Ackerflächen besonders in den höheren Bereichen nehmen den größten Teil der Landschaft ein.
Die intensive ackerbauliche Nutzung ist vorherrschend.
Relevante Lebensräume sind die Isar selbst, die Altwasser und die begleitenden Auwaldkomplexe. Ferner die Niedermoorreste und die Magerstandorte auf den flachgründigen, durchlässigen Schotterböden sowie Quellwasseraustritte aus den Hauptschottern und die Abbaustandorte. Das Mündungsgebiet der Isar weist einen der größten in Deutschland noch erhaltenen Auwaldbereiche auf. Für den südbayerischen Raum hat die Isar eine überragende Bedeutung als Wanderkorridor, Ausbreitungsweg und Refugium und stellt eine der wichtigsten Verbindung zwischen Alpen und Donau für die Arten der limnischen, feuchten und trockenen Lebensräume dar. Allerdings bilden die Siedlungskomplexe in der Landschaft Sperriegel. Ab Landshut sind großflächige Wiesenbrüterflächen im nördlichen Talbereich bis zur Mündung kartiert.