Der durch geologische Auffaltungen entstandene und glazial überprägte Walchensee ist der größte und einer der tiefsten Alpenseen in Bayern. An ihn und das weidewirtschaftlich genutzte Jachental schließen sich ausgedehnte Nadelwälder an, die vereinzelt von Lichtungen aufgelockert werden und nach Süden in Bergmischwälder übergehen. Lokal befinden sich Schlucht- und Blockschuttwälder, an den Südhängen zum Isartal hin auch lichte Schneeheide-Kiefernwälder, die kleinräumig mit Felsfluren, Blaugrasrasen und Zwergstrauchheiden verzahnt sind.Der Untergrund der stark eiszeitlich überprägten Landschaft zwischen Walchensee und Jachen auf der einen und Isar auf der anderen Seite ist aus Hauptdolomit aufgebaut, der im Norden vorwiegend von Plattenkalk überlagert wird. Die Höhen reichen von etwa 750 m ü. NN an der Jachen bis auf über 1400 m ü. NN am Zwölferköpfl. Die forstliche Nutzung ist vorherrschend. Im Bereich von Walchensee und entlang der Jachen ist die Freizeitnutzung in Form von Wassersport erheblich. Der Anteil ausgewiesener Schutzgebiete ist relativ gering , jedoch sind weite Bereiche der Landschaft als Kernzonen des bundesweiten Biotopverbundes als schutzwürdige Landschaftselemente erfasst. Neben den Wäldern sind Hanganrisse, Felswände und Uferbereiche im Umfeld der Bachläufe, kleinere Moor- und Feuchtflächen, Almlichtungen sowie waldfreie Felswände, Schutthänge und die Gipfelbereiche von Bedeutung. Die Vegetationskomplexe im z.T. beweideten Talraum der Jachen als Wildfluss umfassen Magerrasen, Buckelfluren, Kiefernwälder, Streuwiesen, Verlandungs- und Moorvegetation. Der Walchensee stellt wertvolles Brutgebiet für seltene und gefährdete Wasservögel wie Schellente oder Gänsesäger dar und ist außerdem bedeutendes Durchzugs- und Überwinterungsquartier für Taucher und Tauchenten. Die Fischfauna weist seltene und gefährdete Arten wie Seeforelle oder Rutte auf. Durch den Kraftwerksbetrieb ist der Wasserspiegel des Walchensees deutlichen Schwankungen unterworfen und nur vereinzelt finden sich wertvolle Uferbereiche an dem mittlerweile mesotrophen Gewässer mit einer steigender Schwermetallbelastung. Die Beschränkung der Jachen auf eine Hauptrinne und die Verkleinerung der Auenbereiche sowie die zunehmende Beanspruchung durch Freizeitaktivitäten stellen starke Beeinträchtigungen des Tals, das zu den wertvollsten bayerischen Alpentälern gehört, dar. Hohe Wildbestände führen vielerorts zu erheblichen Waldschäden.