Das Berchtesgadener Land wird durch eine fast allseitig geschlossene Gruppierung von Plateaugebirgen um eine zentrale Beckenlandschaft abgegrenzt. Die Höhenstufen reichen dabei von etwa 450 m bis auf 2713 m ü. NN am Watzmannmassiv. Auf den Berggipfeln und Hochflächen befindet sich mächtiger, flachlagernder Dachsteinkalk, während die Sockel teilweise aus tonigen, leicht verwitternden Werfener Schichten bestehen. Den mittleren Kalkmassiven fehlen durch die stärkere Neigung größere Kalkplateaus, sie ähneln eher den Inntaler Riffkalkketten. Im Kalkschutt der Hochregionen kann nur eine spärliche Vegetation gedeihen. Die Verkarstung des Dachsteinkalkes führt zu zahlreichen Karstquellen in den Talböden. An den Talhängen befinden sich noch nahezu geschlossene Waldgebiete, die Waldgrenze steigt von 1600 m ü. NN am Alpenrand bis auf 1800 m ü. NN gegen das Steinerne Meer an. Drei aufgrund eiszeitlicher Gletschertätigkeit tief ausgeschürfte Trogtäler, das Klausbach-, Wimbach- und Königsseetal, spalten die Gebirgsstöcke nach Norden hin auf. Den tiefsten Punkt markiert der Wasserspiegel des Königssees mit 603 m ü.NN. Neben den größten Stillgewässern Königs- und Obersee sind nur noch vereinzelt kleinere Seen anzutreffen. Ebenfalls nur kleinflächig ausgebildet sind Moore und andere Nass- bzw. Feuchtflächen sowie Gletscher- und Firnfelder. Bis auf etwa 1000 m ü. NN reichen die bäuerlichen Siedlungen mit Wiesen und Weiden im Berchtesgadener Kessel. Ungünstiges kühles und feuchtes Klima erschweren eine landwirtschaftliche Nutzung. In den Tälern bieten fast nur die Werfener Schichten und Grundmoränen einen tiefgründigeren Lehmboden, der meist als Wiesengelände, seltener als Acker genutzt wird. Sonst herrschen dürftige Gesteinsböden vor. Zahlreiche im oberen Waldgürtel gerodete kleine Almflächen, die extensiv bewirtschaftet wurden, werden auch heute noch offengehalten. Oft spielt hierbei der Tourismus eine entscheidende Rolle. In den Berchtesgadener Alpen befindet sich ein bedeutender Nationalpark. Die Biotoptypen Fels- und Schuttflur konzentrieren sich im Wesentlichen auf die zentralen Gebirgsmassive des Watzmanns und Hochkalters sowie die westlichen, südlichen und östlichen Randbereiche des Nationalparks. In der unteren alpinen und der subalpinen Stufe sowie daran anschließend finden sich vielfach ausgedehnte Magerrasenkomplexe und Latschengebüschformationen, zum Teil auch sekundär auf ehemaligen Waldstandorten. Fast die Hälfte der Waldvorkommen besteht aus Laub-Nadel-Mischwäldern der submontanen und montanen Stufe. Als eine Besonderheit innerhalb der subalpinen Nadel- und Nadelmischwaldstufe, die i.d.R. von Fichte und Lärche dominiert wird, erscheinen die Lärchen-Zirbenwälder im Bereich Funtensee/Steinernes Meer, Blaueistal und Reiteralm. Durch menschlichen Einfluss geprägte Biotop- und Nutzungstypen wie Grünland, Lägerfluren, Gebäude und andere bauliche Anlagen konzentrieren sich insbesondere auf die Hochflächen östlich des Königssees, den Bereich St. Bartholomä und die Nordhänge des Nationalparks zwischen Königssee und Klausbachtal. Außerhalb der Schutzgebiete gehören weitere Bereiche zu den Kernzonen des bundesweiten Biotopverbundes.