Das Förderprogramm soll zum dauerhaften Erhalt von Naturlandschaften sowie zur Sicherung und Entwicklung von Kulturlandschaften mit herausragenden Lebensräumen und besonders zu schützenden Tier- und Pflanzenarten beitragen. Der Bund setzt für die Naturschutzgroßprojekte derzeit jährlich 12,8 Mio. € ein. Mit dem Förderprogramm, das bundesweit einen der größten Fördertitel für Naturschutz darstellt, konnte in den letzten vier Jahrzehnten in den geförderten Gebieten bedeutende Entwicklungen auch über den Naturschutz hinaus (z.B. in der Regionalentwicklung) initiiert werden. Es werden Projekte gefördert, die für den Naturschutz sowohl national als auch international von großer Bedeutung sind.