Durch die Europäische Kommission wurden Inhalte und Umfang der zu liefernden Daten der nationalen Berichte nach Art. 17 FFH-Richtlinie vorgegeben. Das Formular für die Berichtspflicht wurde unter Beteiligung der Mitgliedstaaten erarbeitet und auf der Habitatausschusssitzung am 20. April 2005 angenommen (DocHab-04-03-03 rev3.doc mit den Anhängen A bis F und ist damit für den Bericht 2007 verbindlich. In den Anhängen zum Dokument sind die für den Bericht notwendigen Daten konkretisiert. Für die Umsetzung der Vorgaben in Deutschland erfolgten enge Abstimmungen zwischen dem Bund und den Ländern.

Zur Unterstützung der Mitgliedstaaten bei der Erstellung der nationalen Berichte hat die EU-Kommission zusätzlich das Guidance-Dokument "Assessment, Monitoring and Reporting under Article 17 of the Habitats Directive: Explanatory Notes & Guidelines" (Final Draft, Oktober 2006) veröffentlicht. Das Dokument war zuvor vom Habitatausschuss verabschiedet worden. Es ist nur in englischer Sprache verfügbar und enthält in Anhang 1 das Berichtsformular und in Anhang 2 Beispiele der Mitgliedstaaten zur Ermittlung des Verbreitungsgebiet sowie des Erhaltungszustandes.

Der Erhaltungszustand der Arten und Lebensraumtypen wird von den Mitgliedstaaten für jede biogeografische Region getrennt bewertet. Die biogeografischen Regionen sind als Bezugsräume erforderlich, um in angemessener Weise das europäische Gesamtareal mit seinen naturräumlichen Unterschieden zu berücksichtigen. So wird der Erhaltungszustand z. B. für einen Lebensraumtyp, der über die Fläche Deutschlands verbreitet vorkommt, jeweils für die alpine, atlantische und kontinentale Region getrennt bewertet.

Karte der biogeografischen Regionen in Deutschland

Die Bewertung des Erhaltungszustands erfolgt bei den Arten anhand der vier Parameter Aktuelles Verbreitungsgebiet, Population, Habitat der Art und Zukunftsaussichten (Anhang C des Berichtsformats). Bei den Lebensraumtypen (LRT) sind es die Parameter Aktuelles Verbreitungsgebiet, Aktuelle Fläche, Spezifische Strukturen und Funktionen und Zukunftsaussichten (Anhang E). Jeder Parameter wird art- bzw. LRT-bezogen anhand festgelegter Kriterien mit Hilfe von Grenz- bzw. Schwellenwerten bewertet und den drei Bewertungsstufen günstig [grün], ungünstig-unzureichend [gelb] und ungünstig-schlecht [rot] zugeordnet (sog. Ampelschema). Ermöglicht die Datenlage keine exakte Bewertung der Parameter, so werden diese als unbekannt [grau] eingestuft. Die Gesamtbewertung des Erhaltungszustandes, also die Zusammenfassung der vier gleichberechtigten Parameter, erfolgt wie folgt: Der Gesamtwert ist mit rot bzw. gelb zu bewerten, sobald einer der vier Parameter mit rot bzw. gelb bewertet wurde. Um die Wertstufe grün für den Gesamtwert zu erhalten müssen mindestens drei der vier Parameter mit grün bewertet werden. Sofern mindestens zwei Parameter mit unbekannt bewertet wurden, aber kein Parameter mit rot oder gelb, ist auch der Gesamtwert mit unbekannt einzustufen.