Da Naturschutz und Landschaftspflege im Zuständigkeitsbereich der Länder angesiedelt sind, werden seit 2004 "Vereinbarungen über den Schutz von Natur und Landschaft auf militärischen Übungsplätzen" zwischen dem Bund (Bundesministerium der Verteidigung/Bundesanstalt für Immobilienaufgaben) und den Bundesländern auf der Grundlage von § 7 BNatSchG. abgeschlossen.

Zur Erarbeitung der naturschutzfachlichen Grund­lagen und deren praktischer Umsetzung vor Ort verfügt die Bundeswehr über qualifiziertes Fachpersonal in den Bereichen Landschaftsökologie, Biologie, Landschaftspflege, Landschafts­planung, Agrarwissenschaften, Umweltwissenschaften etc. oder es finden Kooperationen mit externen Gurachtern, z. B. den Biologischen Stationen und dem amtlichen Naturschutz, statt. Die Dienststellen der Bundesanstalt für Immobilienaufgaben, Sparte Bundesforst, sind als Dienstleister auf den Forstbetriebsflächen der Bundeswehr-Liegenschaften tätig.

Beim Flächenmanagement durch die Geländebetreuungsgruppen der Bundeswehrdienstleistungs­zentren (BwDLZ) auf den Bundeswehr-Liegenschaften werden alle bekannten Methoden der Landschaftspflege angewandt, die auch bei der Pflege von z. B. Naturschutzgebieten und geschützten Landschaftsbestandteilen durch den amtlichen und ehrenamtlichen Naturschutz genutzt werden.

Alle Pflegemaßnahmen werden in Abstimmung mit dem militärischen Nutzer, unter Biotop- und Artenschutzgesichtspunkten – in Abhängigkeit von jahreszeitlichen und witterungsbedingten Besonderheiten – sowie ökonomischen Sachzwängen durchgeführt. Dies geschieht an vielen Orten und in einer Vielzahl von Projekten auch in Zusammenarbeit mit dem amtlichen und ehrenamtlichen Naturschutz.