Die Bonner Konvention erfasst wandernde Tierarten, deren Populationen bei ihren Wanderungen regelmäßig Staatsgrenzen überschreiten. Je nach Grad ihrer Gefährdung werden die Tierarten in zwei verschiedenen Anhängen aufgeführt. Anhang I betrifft Arten, die vom Aussterben bedroht sind und die des Schutzes aller Staaten bedürfen, innerhalb deren Grenzen sich Lebensräume der jeweiligen Art befinden. Schutzmaßnahmen sind z.B. die Erhaltung oder Wiederherstellung von Lebensräumen entlang der Wanderrouten. Anhang II umfasst Arten mit ungünstigem Erhaltungszustand, für deren Erhalt internationale Zusammenarbeit erforderlich ist. Die Vertragsstaaten sind aufgefordert, zu ihrem Schutz so genannte Regionalabkommen ("Agreements") zu schließen (z.B. EUROBATS für europäische Fledermäuse, AEWA für afrikanisch-eurasische Wasservögel).

Neben diesen eigenständigen Regionalabkommen gibt es weniger formale Erklärungen zwischen den Fachbehörden der Arealstaaten ("Memoranda of Understanding", z.B. für den Seggenrohrsänger und die Großtrappe). Die Konferenz der Vertragsstaaten (Conference of the Parties, COP) ist das wichtigste Entscheidungsgremium der Konvention. Zwischen den dreijährig stattfindenden Treffen ist der Ständige Ausschuss (Standing Committee) mit politischen und verwaltungstechnischen Entscheidungen betraut. Der Wissenschaftliche Rat (Scientific Council) erarbeitet fachliche Empfehlungen. Dem vom Umweltprogramm der Vereinten Nationen (UNEP) getragenen Sekretariat ist die Geschäftsführung der Konvention übertragen, es übernimmt organisatorische und koordinative Tätigkeiten.