Die Graphik beschreibt das Verfahren zur Ausweisung von Natura 2000-Gebieten in Deutschland.

So erfolgt die Auswahl und Verwaltung innerhalb der 12-Seemeilen-Zone durch die Bundesländer, außerhalb der 12-Seemeilen-Zone in der Ausschließlichen Wirtschaftszone (AWZ) durch das Bundesamt für Naturschutz.

Für das Natura 2000-Netzwerk können Gebiete nach der EU-Vogelschutzrichtlinie und nach der FFH-Richtlinie zusammengeführt werden.

Bei der EU-Vogelschutzrichtlinie (EU-VRL) erfolgt die Meldung der Gebiete durch die Mitgliedstaaten an die Europäische Kommission  . Die Kommission prüft die Gebiete, die Ausweisung erfolgt durch die Mitgliedsstaaten als SPA - Special Protection Area (SPA) = Besonderes Schutzgebiet

Bei der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie (FFH-RL) werden die Gebiete ebenfalls durch die Mitgliedstaaten an die Europäische Kommission gemeldet. Es sind dann pSCI - Proposed Sites of Community Importance (SCI) = vorgeschlagene Gebiete gemeinschaftlicher Bedeutung. Dann erfolgt die Gebietsbewertung und Festlegung durch die Europäische Kommission. Die Gebiete werden so zu SCIs -Sites of Community Importance (SCI) = Gebiete gemeinschaftlicher Bedeutung. Erst danach erfolgt die Ausweisung der Gebiete durch die Mitgliedstaaten als SAC - Special Area of Conservation (SAC) = Besonderes Schutzgebiet (BSG).