Kern des Naturschutzgebietes „Borkener See“ ist ein durch Braunkohletagebau künstlich geschaffener, nährstoffarmer See mit kleinflächigen Röhrichten und angrenzendem Grünland, Ackerflächen und Wald bzw. Sukzessionsbuschwald. Das FFH-und SPA-Gebiet ist v.a. als Rastgebiet für Wasser- und Watvögel von gesamtstaatlich repräsentativer Bedeutung. Diese nutzen den Umstand, dass der Borkener See in einer nord-südlichen Hauptflugschneise liegt und aufgrund seines großen Wasserkörpers und seiner klimatisch milden Lage lange eisfrei bleibt.