Bedeutender Auenabschnitt an der bayerischen Donau mit großflächigen, zusammenhängenden und naturnahen Auelandschaften (Leitheim bis Ingolstadt), hohe Strukturvielfalt an Hart- und Weichholzauen, Magerrasen und Altwässern mit Verlandungsbereichen, Donaudurchbruch am Stepberg mit Buchenwäldern an den Einhängen, selbst an regulierter Donau teilweise noch regelmäßig große Auen-Biotopkomplexe (bei Spitzenhochwässern oder durch Druckwasser überschwemmt); Donaumoos mit noch artenreichen Mähwiesen- und Moorpflanzengesellschaften, Hauptverbreitungsgebiet für zahlreiche seltene Feuchtgebietstierarten (international bedeutend, baden-württembergischer Teil), ehemaliges Torfabbau- und Allmendgebiet, nach Entwässerung teils ackerbaulich sehr intensiv genutzt, ausgedehntes Niedermoor (in Baden-Württemberg liegender Teil des Feuchtgebietes vor allem wichtig für Zugvögel); weiträumige Wiesenlandschaften mit Überresten ehemals ausgedehnter Moore; weitere bedeutende Lebensräume: Mertinger Höll mit prägnanten Merkmalen historischer Auen- und Niedermoorlandschaften (Mosaik aus alten Torfstichen, Gräben, Tümpeln und weiten Wiesen), Streusiedlung des Schwaigenwinkels; bedeutsame Kulturlandschaftselemente: herrschaftliche Wirtschaftshöfe in Schwaigen, traditionelle Formen der Waldwirtschaft in Teilen des Donautals, Altstadt Neuburg in landschaftswirksamer Lage über der Donau, Jagdschloss Grünau, Gut Rohrenfeld (ehem. herzogliches Gestüt) mit weit in die Landschaft reichenden Alleen, verschiedene Relikte des Ingolstädter Befestigungsgürtels (z. B. Zwischenwerk Gerofling, Fort Rosenschwaig, Fort X), Gerolfinger Eichenwald (ehem. Mittelwaldnutzung, Waldweide), Dreiländerstein von 1696, Schornreuter Kanal