Die Donauniederung zwischen Regensburg und Vilshofen erstreckt sich vor dem Gebirgsrand durch das gesamte Dungaubecken. Durch die Tätigkeit des Flusses wechseln in der Niederung sandig-lehmige Böden, mit höheren Grünlandanteilen mit sandig-kiesigen Niederterrassenplatten sowie teilvermoorten Niederungen. Die Niederterrassen der Donau sind aus bis zu 9 m mächtigen würmzeitlichen Schottern gebildet. Durch den Ausbau der Donau, der 1836 begann, ist das Gewässer heute mit Buhnen und Leitwerken versehen und beidseitig eingedeicht. .
Die Niederung wird zum größten Teil durch Pumpwerke entwässert und ist daher heutzutage intensiv landwirtschaftlich nutzbar. Größere Grünlandbereiche entlang der Donau befinden sich zwischen Pfatter und Straubing sowie im Bereich von Deggendorf und Osterhofen. Nennenswerte Auwaldbereiche kommen bei Irlbach und im Gebiet der Isarmündung vor. In der Umgebung von Straubing mäandriert die Donau recht stark, so dass das Gebiet von Altwasserschlingen mit Au- und Bruchwäldern geprägt ist. Hier wird auch in größerem Maße Schotter abgebaut. Weite Teile der Donauniederung sind gehölzarm und werden wie die sich südlich anschließenden Hochterrassenflächen intensiv agrarisch genutzt.
In der ausgeräumten Agrarlandschaft sind die Feuchtwiesen und Auwaldbereiche sowie die Wälder der Niederterrassen von Bedeutung. In weiten Teilen der Donauniederung, die Überwinterungsgebiet für Wasservögel von internationaler Relevanz ist, wurden landesweit bedeutsame Wiesenbrüterflächen kartiert. Ferner ist die Donau als Ausbreitungsweg in West-Ost-Richtung für Pflanzen und Tiere von Bedeutung.