Weite Dünenfelder aus saale- und weichselzeitlichen Talsanden im Postglazial aufgewehten Dünen kennzeichnen das größte Binnendünengebiet Deutschlands. Die Höhen der Dünen erreichen bei Nochten bis zu 25 m. Zwischen den Dünen befinden sich meist engräumige, aber bis zu 20 m tiefer gelegene Hohlformen, in denen das Grundwasser bis nahe an die Oberfläche ansteigt. In diesen Senken befinden sich alle Übergänge vom Heideteich über Borstgras-Glockenheide-Gesellschaften bis zum Heidewaldmoor. Die Dünen und Niederungen der östlichen Muskauer Heide sind fast vollständig bewaldet, wobei die Kiefer dominiert. Kilometerlang in gleicher Richtung verlaufende Wirtschaftswege durchziehen in einem regelmäßigen Netz die Kiefernforste. Eingeflochten sind einzelne große Heidelandschaften und in den Talauen der Neiße Acker- und Grünlandflächen sowie kleinere Siedlungen. In den ausgedehnten Waldgebieten gibt es nur sehr wenige Dörfer. Die Flächen sind weithin grundwasserferne, trockene Sandstandorte. Die Landschaft liegt zwischen der Lausitzer Neiße, Boxberg, Burghammer, Graustein und Weißwasser. Die großen Heidegebiete, die vom Braunkohlebergbau beeinflusst sind, bilden eine eigene Einheit, die "Tagebaulandschaft der Muskauer Heide".
In der Landschaft überwiegt die forstwirtschaftliche Nutzung.
Die größte Fläche auf den grundwasserfernen Sand- und Kiesstandorten nahm ursprünglich Kiefernmischwald, auf den extrem trockenen Dünenstandorten Kiefernwald ein. Die Kiefernforsten haben heidelbeer-, preiselbeer- und heidekrautreichen Unterwuchs. Der ursprüngliche Kiefernmischwald mit Heidekraut ist der namengebende "Heide"-Typ und besonders verbreitet zwischen der Schwarzen Elster und der großen Spree. Die frischen grundwasserbeeinflußten und teilweise anmoorigen Bildungen werden von einem Fichten-Kiefernwald bestockt, der auch Stieleichen und Ebereschen enthält. Zahlreiche Senken zwischen den Dünenzügen werden von Heidemooren ausgefüllt. Dabei gibt es alle Übergänge vom Heideteich bis zum Heidewaldmoor. Eine besondere Stellung besitzt die häufig auftretende Borstgras-Glockenheide-Gesellschaft. Auf den Trebendorfer Hochflächen war ursprünglich Traubeneichen-Kiefern-Mischwald als natürliche Waldgesellschaft mit deutlichem subkontinentalem Charakter ausgebildet. Heute sind diese Flächen ebenfalls mit Kiefernforsten bestockt. Die östlich von Boxberg gelegene Heidelandschaft ist gegenwärtig vom Bergbau relativ unberührt. Sie beherbergt eine große Anzahl geschützter Tier- und Pflanzenarten und seltene Biotope. Im NSG "Trebendorfer Tiergarten" (ein grundwasser- und staunässebeeinflußter Standort mit Pfeifengras-Kiefernwald) finden sich Ansätze der Sphagnum-Moorbildung sowie Initialstadien der hier von der Natur aus zu erwartenden Stieleichen-Birkenwaldgesellschaften. Pflege der Binnendünen und der Heidemoore. Ein Gefährdung des naturschutzfachlich herausragenden Gebietes besteht durch großräumige Grundwasserabsenkung infolge von Braunkohletagebau in der Umgebung und Kraftwerksemissionen. Außerhalb der Schutzgebiete liegen weitere naturschutzfachlich wertvolle Flächen, die als Kernbereiche des Nationalen Biotopverbundes eingestuft wurden.