Die Emsmarschen werden im Südteil der Landschaft vom Lauf der Ems und der Jümme bestimmt. Die Flüsse haben durch Sedimentation weite Flußmarschen geschaffen, die in Ufernähe die höchsten und trockensten Bereiche aufweisen. Diese Streifen wurden bevorzugt besiedelt und bewirtschaftet. Im Nordteil bestehen die Emsmarschen aus überschlickten Randmooren, die sich als Übergangszone zwischen der höherern Ostfriesischen Geest im Osten und den Seemarschen am Küstensaum befinden. Dieses Gebiet liegt zum Teil unter Meeresniveau und ist daher sehr schlecht entwässert. Die Emsmarschen sind eine gehölzarme, grünlandgeprägte Landschaft .
Der gesamte Marschenraum wird als Grünland genutzt, Ackerbau ist nur unter hohem Entwässerungsaufwand möglich und beschränkt sich auf kleine Flächen.
Größtes Schutzgebiet in der Landschaft ist das EU-Vogelschutzgebiet "Rheiderland". Als FFH-Gebiet gemeldet und teilweise auch als Naturschutzgebiet ausgewiesen ist die Niederung des Fehntjer Tiefs. Die Moor- und Feuchtflächen sowie der Lauf der Ems sind Vogelbrutgebiete nationaler Bedeutung, die Polder zwischen Ems und Dollart sind Rastgebiete von internationaler Bedeutung.