Das Inntal erstreckt sich zwischen Gars am Inn (413 m ü. NN) und Schärding (etwa 300 m ü. NN) und markiert den Übergang zwischen dem Unterbayerischen Hügelland und den Isar-Inn-Schotterplatten, zu denen der Inn gezählt wird. Begleitet von einer mehrfach getreppten Niederterrassenlandschaft aus würmzeitlichen und postglazialen Schottern, deren Mächtigkeit von West nach Ost abnimmt, mäandriert der Inn zwischen Gars und Mühldorf. Bei Ampfing tritt das Isental als weite, kaum terrassierte Talebene in die Landschaft und das Inntal öffnet sich trompetenförmig zum Ampfinger Becken. Zwischen Mühldorf und Schärding befinden sich nur noch wenige Abschnitte mit naturnaher Dynamik; ab Haiming hat der durch seine hohe Sedimentfracht gekennzeichnete Inn eher den Charakter einer Stauseenkette. Grünland- und Waldstandorte sind auf den Terrassen nur noch vereinzelt vorhanden, wobei es sich bei den Wäldern zumeist um Fichtenmonokulturen handelt. Entlang der Innaue allerdings zieht sich ein mehr oder weniger durchgängiges Auwaldband. Mit Ausnahme weniger kleinparzellierter Bereiche ist die gesamte Flusslandschaft durch Ackerflächen geprägt.
Intensive ackerbauliche Nutzung in Form von Getreide- und Maisanbau ist vorherrschend.
Im Bereich der Aue sind die Auwälder und ihre Kontaktbiotope, die Altwässer mit ihren großen Röhrichtbeständen und die Brennen von Bedeutung. Teilabschnitte des Inn gehören zum FFH-Gebiet "Unteres Inntal mit Stauseen" und zum Vogelschutzgebiet "Salzach und Inn" Die Auenstufe gehört zum Biotopverbundsystem der Auenstufen und Hangleiten von Inn, Alz und Salzach vom Alpenrand bis zu deren Mündung. Im Bereich der Terrassen sind kalkoligotrophe Feucht- und Naßstandorte sowie naturnahe, lineare Laubwälder der Hangkanten und z.T. Magerrasen relevant. Den Bächen der Niederterrassen kommt eine wichtige Vernetzungsfunktion zu. Außerdem sind die Kiesgruben als Sekundärbiotope wertvoll. Besonders für die Vogelwelt haben Auslandungen in einzelnen Bereichen der gestauten Oberwasserbereiche vor den Kraftwerken überregionale Bedeutung sowie für anspruchsvolle Vogelarten wie Zwergdommel und Drosselrohrsänger die bereits erwähnten Altwässer. Die Innaue von Marktl bis Malching beherbergt außerdem eine individuenstarke Biber-Population. Von Haiming bis Schärding ist die Innaue mit ihren Flachwasserzonen und vielfältigen Verlandungsbereichen als RAMSAR-Gebiet ausgewiesen. Problematisch für die Landschaft stellt sich die zunehmende Intensivierung der Landwirtschaft mit Verlusten naturnaher Flächen und wertvoller Sekundärbiotope sowie Grundwasserverschmutzungen dar. Einengung und Aufstauung des Flußlaufes führten zum Verlust der Auendynamik und durch die Absenkung des Grundwasserspiegels fallen Altwässer und Auwälder trocken. Noch vorhandene naturnahe Flächen werden durch die zunehmende Zersiedelung der Landschaft beeinträchtigt.