Der projektbezogene Planungsraum des beantragten Projektes befindet sich überwiegend im Biosphärenreservat Thüringer Wald und setzt sich aus drei thematischen „Schwerpunkten“ zusammen, die sich in vielen Fällen räumlich und inhaltlich überschneiden. Dabei wurde der Fokus auf die besonders artenreichen, gefährdeten und entwicklungsbedürftigen Lebensraumkomplexe der Fließgewässer, Moore und Bergwiesen gelegt. Der zentrale Schwerpunkt im Naturschutzgroßprojekt liegt auf dem ca. 500 Kilometer umfassenden Netz von Quellbächen und Bachoberläufen. Prioritäres Projektziel ist es, für das gesamte Gewässernetz des Planungsraums (mit Ausnahme der Talsperren) eine ökologische Durchgängigkeit herzustellen. Dabei sollen die angrenzenden Auen, Moore, Wälder und Bergwiesen in die Gesamtkonzeption mit einbezogen werden.
Ein weiterer Schwerpunkt liegt auf dem Erhalt und der Wiederherstellung zahlreicher kleinerer Nieder- und Durchströmungsmoore, die in der Regel in enger Verzahnung mit den Bergwiesen und Quellbächen vorhanden sind. Ziel ist die Wiederherstellung eines naturnahen Wasserregimes mit möglicher langer Speicherung des Wassers.

Einen dritten Schwerpunkt bilden die Bergwiesen. Verbuschte Bergwiesen sollen im Rahmen des Biotopmanagements wiederhergestellt werden. Projektziel ist es, für alle Bergwiesen im Planungsraum langfristig wirksame Nutzungskonzepte zu entwickeln und Partner für die Umsetzung zu finden.
Die Fließgewässer sollen durch die Optimierung von Ufern und Gewässersohlen bzw. durch die Wiederherstellung einer dynamischen Eigenentwicklung renaturiert werden und zum Wasserrückhalt im Fördergebiet durch Abflussverzögerung beitragen.