Die Situation, dass Flussauen durch Flussbegradigung und Staustufenbau von der natürlichen Hochwasserdynamik abgekoppelt sind, hat an vielen Flüssen zu einer anhaltenden Gefährdung der auentypischen Arten und Lebensräume und zu Problemen beim Hochwasserschutz geführt. Zwischen Neuburg und Ingolstadt führen der Aufstau und die Eindeichung der Donau oft jahrelang zum vollständigen Ausbleiben der Auenüberflutung und zur Nivellierung der auentypischen Wasserstandsschwankungen. Ein vom Freistaat Bayern und der Arbeitsgemeinschaft Auenrenaturierung geplantes und teilweise schon umgesetztes Renaturierungsprojekt hat sich zum Ziel gesetzt, diese Entwicklung durch eine gezielte Flutung teilweise wieder rückgängig zu machen. Dies geschieht einerseits um mehr Rückhalteraum für Hochwasser zu schaffen, andererseits um die noch vorhandene reichhaltige Auenvegetation und –fauna vor weiteren Verlusten zu bewahren. Hier setzt das vom BfN geförderte E+E-Vorhaben an, mit dem beispielhafte Maßnahmen für eine möglichst naturnahe Auendynamik  erprobt werden sollen.  Hierzu ist es insbesondere erforderlich, dass nach der Flutung der Aue das Wasser nicht unnatürlich lange im Projektgebiet verbleibt, sondern bei sinkenden Wasserständen - entsprechend den Verhältnissen in einer natürlichen Flussaue - wieder in den Fluss zurückströmt. Da dies in dem aufgestauten Abschnitt nicht möglich ist, soll eine Anbindung zur Donau unterhalb der Staustufe Ingolstadt geschaffen werden. 

Durch die begleitende wissenschaftliche Untersuchung von Vegetation, Fauna und Wasserhaushalt soll überprüft werden, ob die Entwicklung der Aue den gewünschten Verlauf nimmt. Das technische Verfahren, die Wassermengenbewirtschaftung und die ökologischen Auswirkungen sollen im Hinblick auf eine eventuelle Optimierung der Baumaßnahmen und auf mögliche Empfehlungen für andere, vergleichbare Situationen – insbesondere an größeren Flüssen in Deutschland (u. a. auch an Bundeswasserstraßen) – untersucht werden. Auch der Einfluss der Flutung auf die forstliche Nutzbarkeit des Auwalds soll abgeschätzt werden. 

Der Auwald im Bereich des E+E-Projektgebiets südlich der Donau umfasst ca. 900 ha. Dort befinden sich zwei FFH-Gebiete und ein SPA-Gebiet sowie die Vorkommen von zehn FFH-Lebensraumtypen (u. a. Hartholzauenwälder, Natürliche eutrophe Seen mit einer Vegetation des Mag­nopotamions oder Hydrocha­ritions, Auenwälder mit Alnus glutinosa und Fraxinus excelsior und Trespen-Schwingel-Kalk-Trockenrasen) und von zahlreichen FFH-Arten (u.a. Biber, Laubfrosch, Bauchige Windelschnecke, Hirschkäfer, Eremit und  Zierliche Moosjungfer).